フラグメント化された化合物立体構造データベースの構築

稲垣雅也; 柳澤渓甫; 大上雅史; 秋山泰

論文・著書情報

タイトル

和文:	フラグメント化された化合物立体構造データベースの構築
英文:

著者

和文:	稲垣雅也, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰.
英文:	Masaya Inagaki, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

巻, 号, ページ

2022-BIO-69 15 1-8

出版年月

2022年3月3日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:
英文:

開催地

和文:
英文:

公式リンク

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=216925&item_no=1&page_id=13&block_id=8

アブストラクト

創薬におけるFragment-Based Virtual Screening (FBVS)では，まず代表的なフラグメント（化合物の部分構造）に関して標的タンパク質との結合親和性を計算した後に，それらをなるべく多く満たすような化合物をデータベースから検索，発見することを目指す．本研究では，このうち後者の過程を助けることを目的として，薬剤候補化合物について，(1)化合物が持つフラグメントの種類と，(2)化合物の取り得る立体配座中での2つのフラグメント間の相対位置関係をあらかじめ整理したデータベースを構築することを提案する．このとき，(1)(2)の情報をビット列で表現し，(2)については当該化合物がとり得る立体配座を最大200種類計算して，それらの状態に対応するビット表現を論理和として重ね合わせることとした．検証実験では，PDBbindデータベースの既知薬剤化合物6,858件から上述のデータベースを構築し，検索条件に合う化合物が抽出できることを確認した．

Home

各種検索

サポート

T2R2について

関連リンク

論文・著書情報