結合エネルギーを考慮したゲノムワイドな高速短鎖核酸配列検索手法の開発

山崎眞拓; 伊澤和輝; 平田稜; 柳澤渓甫; 大上雅史; 秋山泰

論文・著書情報

タイトル

和文:	結合エネルギーを考慮したゲノムワイドな高速短鎖核酸配列検索手法の開発
英文:

著者

和文:	山崎眞拓, 伊澤和輝, 平田稜, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰.
英文:	Mahiro Yamazaki, Kazuki Izawa, 平田稜, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

巻, 号, ページ

2022-BIO-69 8 1-8

出版年月

2022年3月3日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:
英文:

開催地

和文:
英文:

公式リンク

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=216918&item_no=1&page_id=13&block_id=8

アブストラクト

核酸配列間における結合エネルギーは核酸同士の結合安定性を考慮する上で重要な要素である．さまざまな手法により結合エネルギーの計算が行われているが，一方の配列が短鎖であった場合に効率的かつ網羅的な計算を試みる手法は存在していない．本研究ではクエリ配列をアンチセンス(ASO)医薬品のギャップ領域として利用される長さである10塩基程度の短いものと想定し，結合エネルギーが強くなる配列を列挙しターゲット配列から検索する手法の提案，実装，性能比較を行なった．結果，クエリ配列長が10-14塩基のとき既存手法と比較して60-90倍の高速化に成功した．また，メモリ使用量についても1.4-116.6MBとなり，サーバ等の大規模な計算環境でなくても本手法が十分に実行可能であることを示した．

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