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論文・著書情報


タイトル
和文:TSUBAME 3.0 による Cresset Flare FEP 計算の展開 
英文: 
著者
和文: 大上雅史.  
英文: Masahito Ohue.  
言語 Japanese 
掲載誌/書名
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巻, 号, ページ        
出版年月 2021年10月26日 
出版者
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会議名称
和文:CBI学会2021年大会 
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開催地
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公式リンク https://cbi-society.org/taikai/taikai21/index.html
 
アブストラクト 結合自由エネルギー計算を行う代表的な手法である自由エネルギー摂動法 (free energy perturbation, FEP) は、構造的に類似したリガンド分子間の結合自由エネルギー差ΔΔGを高精度に予測できること から創薬プロジェクトへの応用が進んでいる (J Chem Inf Model 60: 5457–5474, 2020. 等)。しかしなが らFEP計算はMDを多用するため、計算結果を迅速に取得するには多くの計算資源を利活用できるこ とが重要である。本講演では、Flare FEPを用いた大規模FEP計算の事例として、我々が東京工業大学 のTSUBAME 3.0スーパーコンピューターで実際に行ってきた計算の取り組みについて、クラスタマ シン上でのFlareの実行ノウハウ等も含めて紹介する。

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