大規模自由エネルギー摂動法計算のための摂動マップ構築アルゴリズムの高速化

古井海里; 大上雅史

論文・著書情報

タイトル

和文:	大規模自由エネルギー摂動法計算のための摂動マップ構築アルゴリズムの高速化
英文:

著者

和文:	古井海里, 大上雅史.
英文:	Kairi Furui, Masahito Ohue.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

巻, 号, ページ

2023-BIO-74 39 1-7

出版年月

2023年6月22日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:
英文:

開催地

和文:
英文:

公式リンク

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=226694&item_no=1&page_id=13&block_id=8

アブストラクト

近年，自由エネルギー摂動法（Free energy perturbation，FEP）計算がリード最適化プロセスを支援する手法として注目されている．Lead optimization mapper (Lomap)は，リガンド間の相対結合自由エネルギーを効率的に計算するための摂動マップを構築するアルゴリズムとしてよく用いられる．しかし，Lomapは全ての辺について順番に辺を削除しても制約を満たすかどうか判定する必要があり，数百の化合物が含まれる摂動マップの構築で少なくとも数時間という多大な計算時間を，数万以上の辺が含まれる場合への適用は現実的ではなかった．そこで本研究では，数万本以上の辺を持つ初期グラフから摂動マップの構築を可能にした．できるだけ多くの辺の制約を同時に判定するチャンク判定処理により，全体での制約判定回数を辺の数に依存する量から，頂点数に依存する数まで削減した．本手法は，元のLomapと比較して十倍から数百倍の高速に摂動マップを構築できるにもかかわらず，出力される摂動マップは従来のLomapアルゴリズムのものと同等であり，従来法を提案手法に直接置き換えることが可能である．

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