Cyclic offsetを導入したAlphaFold multimerによる環状ペプチド複合体構造予測

冨樫慧乃辰; 小杉孝嗣; 大上雅史

論文・著書情報

タイトル

和文:	Cyclic offsetを導入したAlphaFold multimerによる環状ペプチド複合体構造予測
英文:

著者

和文:	冨樫慧乃辰, 小杉孝嗣, 大上雅史.
英文:	Keinoshin Togashi, Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

巻, 号, ページ

2023-BIO-74 41 1-6

出版年月

2023年6月22日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:
英文:

開催地

和文:
英文:

公式リンク

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=226696&item_no=1&page_id=13&block_id=8

アブストラクト

環状ペプチドは低分子や高分子の利点を併せ持つ新しい分子として注目を集めており，タンパク質間相互作用阻害をはじめとする様々な作用機序を持つ医薬品が開発されている．また，実験技術の向上によって活性が明らかな環状ペプチドと標的タンパク質の情報も増えてきた．一方で，実験による複合体の立体構造の解析は，コストや技術的な問題であまり進んでおらず，環状ペプチドの合理的医薬品設計に向けて計算機による複合体構造予測手法の開発が促されている．環状ペプチド複合体に関しては既存のデータベースも存在しないため，本研究ではまず環状ペプチド複合体構造データセットの構築を行った．そして，cyclic offsetを導入したAlphaFold Multimerによる環状ペプチド複合体構造予測を行い，AutoDock CrankPepなど他の複合体予測手法と性能を比較し，環構造のタイプや構成アミノ酸の種類，残基数などの観点から予測精度に関する傾向を分析した．

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