論文

• Yuki Hishikawa, Hiroki Noya, Satoru Nagatoishi, Takashi Yoshidome, Basudev Maity, Kouhei Tsumoto, Satoshi Abe, Takafumi Ueno. Elucidating Conformational Dynamics and Thermostability of Designed Aromatic Clusters by Using Protein Cages, Chemistry A Europian Journal, Vol. 29, Issue 34, Page e202300488, Apr. 2023.
• Mariko Kojima, Satoshi Abe, Tadaomi Furuta, Duy Phuoc Tran, Kunio Hirata, Keitaro Yamashita, Yuki Hishikawa, Akio Kitao, Takafumi Ueno. Engineering of an in-cell protein crystal for fastening a metastable conformation of a target miniprotein, Biomater. Sci., vol. 11, no. 4, pp. 1350-1357, Feb. 2023.
• Zhipeng Li, Basudev Maity, Yuki Hishikawa, Takafumi Ueno, Diannan Lu. The Importance of Subunit-subunit Interface on Ferritin Disassembly: A Molecular Dynamics Study, Langmuir, Jan. 2022.
• Yuki Hishikawa, Basudev Maity, Nozomi Ito, Satoshi Abe, Diannan Lu, Takafumi Ueno.. Design of Multinuclear Gold Binding Site at the Two-fold Symmetric Interface of the Ferritin Cage., Chemistry Letters, Apr. 2020.
• Basudev Maity, Yuki Hishikawa, Diannan Lu, Takafumi Ueno. Recent progresses in the accumulation of metal ions into the apo-ferritin cage: Experimental and theoretical perspectives, Polyhedron, Volume 172, No. 1, Page 104-111, Nov. 2019.
• Takeya sho, Basudev Maity, Kenta Fujita, Megumi Mano, Yuki Hishikawa, Takafumi Ueno. Photo-induced In Vivo MRI Imaging with Rapid CO Release from an MnCO-Protein Needle Composite, Chemistry A Europian Journal, 24, 45, 11578-11583, Aug. 2018.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Yuki Hishikawa, Takafumi Ueno, Diannan Lu. Molecular dynamics simulation of gold clusters at 2-fold interface in designed ferritin cage, Tsinghua University & The University of Tokyo Forum on Health Biotechnology and Engineering, July 2019.
• Gento Nakagawa, Yuki Hishikawa, Nobumitsu Hirai. Sensor for tidal soil using the electrochemical reaction of sediment microbial fuel cell, Asia Steel International Conference 2015, Oct. 2015.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 鈴木大凱, 菱川湧輝, 西山弓恵, 茂田井和紀, 早水裕平, 上野隆史. フラーレン内包タンパク質ケージの構造と物性, 第73回高分子学会年次大会, 高分子学会予稿集, 73巻, 1号, May 2024.
• 浅沼明日香, 菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 上野隆史. タンパク質ケージへのトリプトファン集積場形成と外来分子内包, 第13回CSJ化学フェスタ, Oct. 2023.
• 鈴木大凱, 菱川湧輝, 上野隆史. フラーレン内包タンパク質ケージの設計と構造解析, 第33回バイオ・高分子シンポジウム, バイオ・高分子シンポジウム講演要旨集, 33:2023.7.27・28, July 2023.
• 浅沼 明日香, 菱川 湧輝, 野谷 大樹, 上野 隆史. フェリチンを用いたトリプトファン集積構造の構築, 第12回CSJ化学フェスタ, Oct. 2022.
• Mariko Kojima, Yuki Hishikawa, Satoshi Abe, Tadaomi Furuta, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao, Takafumi Ueno. Dynamics structural analysis of miniprotein by in-cell crystal engineering, The 102nd CSJ Annual Meeting (2022), Mar. 2022.
• Yuki Hishikawa, Asuka Asanuma, Basudev Maity, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Satoshi Abe, Takafumi Ueno. Analysis of Dynamic Behavior of Aromatic Interactions using Protein Cages, The 102nd Chemical Society of Japan Annual Meeting, Mar. 2022.
• 菱川湧輝, MAITYBASUDEV, 吉沢道人, 森本 正和, 安部聡, 上野隆史. タンパク質ケージ内芳香族クラスターによる蛍光分子特性制御, 第15回バイオ関連化学シンポジウム, Sept. 2021.
• 菱川湧輝, 野谷大樹, MAITYBASUDEV, 長門石 曉, 津本浩平, 安部聡, 上野隆史. タンパク質ケージ結晶を用いた芳香族クラスターの動的挙動解析, 第1回発動分子科学研究会, June 2021.
• 菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史. タンパク質ケージ内における芳香族分子集積と反応制御, 日本化学会第101回春季年会, Mar. 2021.
• Mariko Kojima, Yuki Hishikawa, Satoshi Abe, Tadaomi Furuta, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao, Takafumi Ueno. Energy Analysis of Miniprotein by in Vivo Protein Crystallization, 日本化学会第101春季年会, Mar. 2021.
• 菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史. タンパク質ケージを利⽤した芳香族クラスターの構築と外来分子内包, 発動分子科学第5回領域会議, Jan. 2021.
• 菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史. タンパク質ケージの内部空間設計による芳香族クラスターの構築, 第14回バイオ関連化学シンポジウム, Sept. 2020.
• 菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史. フェリチンケージのサブユニット界面を利用した多核金結合サイトの構築, 第70回錯体化学会討論会, Sept. 2020.
• 菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史. かご状タンパク質フェリチンのサブユニット界面における金集積機構の解明, 第69回高分子学会年次大会, May 2020.
• 菱川 湧輝, 安部 聡, 上野 隆史. 機能性分子融合タンパク質針の動的性質, 第67回高分子学会年次大会, May 2018.
• 菱川 湧輝, 安部 聡,  上野 隆史. 人工タンパク質針の長さ制御による機能創成, 日本化学会第98春季年会, Mar. 2018.
• Dan Que Nguyen, Yuki Hishikawa, Sam-Yong Park, Takafumi Ueno. Molecular Engineering Design of Protein Needle - External Protein Complexes, The 98th CSJ Annual meeting, Mar. 2018.
• 菱川 湧輝, 中川 元斗, 平井 信充. 三重県田中川干潟のヘドロを用いた微生物燃料電池の性能評価 ～負極電位・硫酸塩還元菌量・硫化物イオン量の関係～, 日本鉄鋼協会 第171回春季講演大会, Mar. 2016.
• 菱川 湧輝, 中川 元斗, 平井 信充. 微生物燃料電池の負極電位に及ぼす微生物および土壌含有成分の影響, 第21回高専シンポジウム, Jan. 2016.
• 菱川 湧輝. 堆積物型微生物燃料電池の負極電位に及ぼす硫酸塩還元菌の影響, 第15回日本表面科学会中部支部 学術講演大会, Dec. 2015.
• 中川 元斗, 菱川 湧輝, 平井 信充. ヘドロ電池の性能に及ぼす微生物および土壌含有成分の影響, 第56回電池討論会, Nov. 2015.
• 菱川 湧輝, 平井 信充. 微生物燃料電池の性能に及ぼす電極材料、微生物、および土壌含有成分の影響, 日本鉄鋼協会 第170回秋季講演大会, Sept. 2015.
• 菱川 湧輝, 中川 元斗, 平井 信充. 鉄鋼材料を電極に用いた微生物燃料電池の特性評価, 日本鉄鋼協会 第170回秋季講演大会, Sept. 2015.
• 菱川 湧輝, 平井 信充. 堆積物型微生物燃料電池のしくみを利用した干潟の土壌センサー, 日本鉄鋼協会 第169回春季講演大会, Mar. 2015.
• 菱川 湧輝, 倉田 悠里, 小早川 紗良, 平井 信充, 甲斐 穂高, 山口 雅裕. 三重県沿岸海域のCOD解析とプランクトンの同定, 日本動物学会中部支部大会岡崎大会, Mar. 2014.

学位論文

• タンパク質ケージを用いた非共有結合性相互作用ネットワークの設計と動的挙動解明,  論文要旨,  博士(理学),  東京工業大学,  2023/03/26,   
• タンパク質ケージを用いた非共有結合性相互作用ネットワークの設計と動的挙動解明,  審査の要旨,  博士(理学),  東京工業大学,  2023/03/26,   
• タンパク質ケージを用いた非共有結合性相互作用ネットワークの設計と動的挙動解明,  要約,  博士(理学),  東京工業大学,  2023/03/26,   
• タンパク質ケージを用いた非共有結合性相互作用ネットワークの設計と動的挙動解明,  本文,  博士(理学),  東京工業大学,  2023/03/26, 

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