論文

• Kento Aoyama, Masanori Kakuta, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development of computational pipeline software for genome/exome analysis on the K computer, Supercomputing Frontiers and Innovations, Vol. 7, No. 1, pp. 37-54, 2020.  公式リンク  
  
• 青山 健人, 角田 将典, 松崎 由理, 石田 貴士, 秋山 泰. スーパーコンピュータ「京」上でのエクソーム解析パイプラインの開発, 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム（ACS）, Vol. 9, No. 2, p. 15-33, July 2016.

国際会議発表 (査読有り)

• Masahito Ohue, Kento Aoyama, Yutaka Akiyama. High-performance cloud computing for exhaustive protein-protein docking, The 26th International Conference on Parallel & Distributed Processing (PDPTA’20), Advances in Parallel & Distributed Processing, and Applications, Springer,cham, pp. 737-746, Oct. 2021.  公式リンク  
  
• Kento Aoyama, Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multiple HPC environments-aware container image configuration workflow for large-scale all-to-all protein-protein docking calculations, The 6th Asian Conference on Supercomputing Frontiers (SCFA2020), Lecture Notes in Computer Science, Springer, Vol. 12082, pp. 23-39, June 2020.  公式リンク  
  
• Aoyama K, Yamamoto Y, Ohue M, Akiyama Y.. Performance evaluation of MEGADOCK protein–protein interaction prediction system implemented with distributed containers on a cloud computing environment, Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications （PDPTA'19）, In Proceedings of the 2019 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA'19), pp. 175-181, July 2019.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Kento Aoyama, Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration for Bioinformatics Application, International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis (SC'19), Nov. 2019.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Yuki Yamamoto, Kento Aoyama, Yutaka Akiyama. MEGADOCK-Azure: high-performance protein-protein docking on Microsoft Azure HPC, 4th IIT Madras-Tokyo Tech Joint Symposium on Frontiers in Bioinformatics: Large Scale Data Analysis, Resources and Drug Design, Nov. 2017.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• Masahito Ohue, Kento Aoyama, Yutaka Akiyama. High-performance cloud computing for exhaustive protein-protein docking, IPSJ Technical Report, Vol. 2020-MPS-129, No. 6, pp. 1-4, July 2020.  公式リンク  
  
• Kento Aoyama, Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration for Bioinformatics Application, 第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019), Sept. 2019.  公式リンク  
  
• Aoyama K, Yamamoto Y, Ohue M, Akiyama Y.. Performance evaluation of MEGADOCK protein–protein interaction prediction system implemented with distributed containers on a cloud computing environment, IPSJ SIG Technical Report, Vol. 2019-MPS-124, No. 13, pp. 1-4, July 2019.  公式リンク  
  
• 青山健人, 大上雅史, 秋山泰. 生命情報解析分野におけるコンテナ型仮想化技術の動向と性能検証, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2018-BIO-54, 47, 1-7, June 2018.  公式リンク  
  
• 青山 健人, 山本 悠生, 大上 雅史, 秋山 泰. コンテナ型仮想化による分散計算環境におけるタンパク質間相互作用予測システムの性能評価, 情報処理学会 第49回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2017-BIO-49, 3, 1-8, Mar. 2017.  公式リンク  
  
• 青山 健人, 角田 将典, 松崎 由理, 石田 貴士, 秋山 泰. エクソーム解析パイプラインの京コンピュータ上での大規模並列化, 情報処理学会第38回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 2014-BIO-38, June 2014.

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