論文

• Masanori Kakuta, Shuji Suzuki, Kazuki Izawa, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. A Massively Parallel Sequence Similarity Search for Metagenomic Sequencing Data, International Journal of Molecular Sciences, Multidisciplinary Digital Publishing Institute, Vol. 18, No. 10, pp. 2124, Oct. 2017.
• Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Masahito Ohue, Masanori Kakuta, Yutaka Akiyama. GHOSTX: A Fast Sequence Homology Search Tool for Functional Annotation of Metagenomic Data, Methods in Molecular Biology(Protein Function Prediction), Springer, Volume 1611, pp. 15-25, Apr. 2017.  公式リンク  
  
• Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. GPU-Acceleration of Sequence Homology Searches with Database Subsequence Clustering, PLOS ONE, Vol. 11, No. 8, e0157338, Aug. 2016.
• 青山 健人, 角田 将典, 松崎 由理, 石田 貴士, 秋山 泰. スーパーコンピュータ「京」上でのエクソーム解析パイプラインの開発, 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム（ACS）, Vol. 9, No. 2, p. 15-33, July 2016.
• Suzuki S, Kakuta M, Ishida T, Akiyama Y.. Faster sequence homology searches by clustering subsequences, Bioinformatics, 31, 8, 1183-90, Apr. 2015.  公式リンク  
  
• Satoshi Matsuoka, Hitoshi Sato, Osamu Tatebe, Michihiro Koibuchi, Ikki Fujiwara, Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Toyotaro Suzumura, Koji Ueno, Hiroki Kanezashi, Takemasa Miyoshi.. Extreme Big Data (EBD): Next Generation Big Data Infrastructure Technologies Towards Yottabyte/Year, Supercomputing frontiers and innovations, Vol. 1, No. 2, pp. 89-107, 2014.

国際会議発表 (査読有り)

• Kakuta, M., Suzuki, S., Ishida, T., Akiyama, Y.. GHOST-MP: A Massively Parallel Biological Sequence Similarity Search for Metagenomics using OpenMP and MPI, Annual Meeting on Advanced Computing System and Infrastructure (ACSI) 2015, Jan. 2015.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. GHOSTZ-GPU: Fast Protein Sequence Homology Search on GPUs, GPU Technology Conference 2015 (GTC2015), No. P5273, Mar. 2015.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 藤井智也, 角田将典, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰. GPUを用いたメタゲノム配列相同性解析ツールのMPI並列化と応用, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2016-BIO-45, 3, 1-4, Mar. 2016.  公式リンク  
  
• 青山 健人, 角田 将典, 松崎 由理, 石田 貴士, 秋山 泰. エクソーム解析パイプラインの京コンピュータ上での大規模並列化, 情報処理学会第38回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 2014-BIO-38, June 2014.

その他の論文・著書など

• 秋山 泰, 石田 貴士, 角田将典, 鈴木脩司. 次世代ＤＮＡシークエンサデータの超高速解析, BioSupercomputing Newsletter, Vol. 5, pp. 13, Nov. 2011.

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