論文

• Keisuke Yanagisawa, Takuya Fujie, Kazuki Takabatake, Yutaka Akiyama. QUBO Problem Formulation of Fragment-Based Protein–Ligand Flexible Docking, Entropy, MDPI, 26, Apr. 2024.  公式リンク  
  
• Jianan Li, Keisuke Yanagisawa, Masatake Sugita, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides, Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, Volume 63, Issue 7, pp. 2240-2250, Mar. 2023.  公式リンク  
  
• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations, Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, Volume 62, Issue 18, pp. 4549-4560, Sept. 2022.  公式リンク  
  
• Sugita M, Sugiyama S, Takuya Fujie, Yoshikawa Y, Yanagisawa K, Ohue M, Akiyama Y.. Large-scale membrane permeability prediction of cyclic peptides crossing a lipid bilayer based on enhanced sampling molecular dynamics simulations, Journal of Chemical Information and Modeling, 61, 7, 3681-3695, July 2021.  公式リンク  
  

国際会議発表 (査読有り)

• Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization, 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Proceedings of the 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Association for Computing Machinery, Page 1082-1091, Aug. 2024.  公式リンク  
  

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Yudai Noso, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development and Application of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations, 21st IUPAB and 62nd BSJ joint congress 2024, American Chemical Society, June 2024.  公式リンク  
  
• Takuya Fujie, Masatake Sugita, Satoshi Sugiyama, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Conformational Sampling with Molecular Dynamics Simulation for Prediction of Membrane Permeability of Cyclic Peptide, The 5th IITM-Tokyo Tech Joint Symposium-Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design, Mar. 2020.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 杉田 昌岳, 藤江 拓哉, 能祖 雄大, 柳澤 渓甫, 大上 雅史, 秋山 泰. 拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用, 第24回日本蛋白質科学会年会, June 2024.
• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations, The 61st Annual Meeting of The Biophysical Society of Japan, Nov. 2023.  公式リンク  
  
• 李 佳男, 柳澤 渓甫, 杉田 昌岳, 藤江 拓哉, 大上 雅史, 秋山 泰. CycPeptMPDB：包括的な環状ペプチド膜透過率データベースの開発, 情報処理学会 第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2023-BIO-74, 38, 1-8, June 2023.  公式リンク  公式リンク  
  
• 能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 分子動力学シミュレーション軌跡データからの環状ペプチドの膜透過性と相関が高い特徴量の抽出, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2022-BIO-70, 50, 1-8, June 2022.  公式リンク  
  
• 杉田昌岳, 杉山聡, 藤江拓哉, 吉川寧, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過率の大規模予測, 第58回日本生物物理学会年会, Nov. 2021.
• 杉田昌岳, 杉山聡, 藤江拓哉, 吉川寧, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過率の大規模予測, 第58回日本生物物理学会年会, Nov. 2021.
• Sugita M, Sugiyama S, Takuya Fujie, Yoshikawa Y, Yanagisawa K, Ohue M, Akiyama Y.. Large-scale membrane permeability prediction of cyclic peptides crossing a lipid bilayer based on enhanced sampling molecular dynamics simulations, CBI学会2021年大会, Oct. 2021.  公式リンク  
  
• 杉田昌岳, 杉山聡, 藤江拓哉, 吉川寧, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過率の大規模予測, 第43回溶液化学シンポジウム, Oct. 2021.

その他の論文・著書など

• 能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰. 分子動力学シミュレーション軌跡データから抽出した位置依存特徴量を活用した環状ペプチドの膜透過性予測, 第147回MPS・第77回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 16, 1-8, Mar. 2024.

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