論文

• Takuji Yamada. Metagenomic and metabolomic analyses reveal distinct stage-specific phenotypes of the gut microbiota in colorectal cancer, Nature Medicine, June 2019.
• Yuki Moriya, Takuji Yamada, Shujiro Okuda, Masaaki Kotera, Zenichi Nakagawa, Toshiaki Tokimatsu, Susumu Goto, Minoru Kanehisa. Identification of Enzyme Genes Using Chemical Structure Alignments of Substrate-Product Pairs, Journal of Chemical Information and Modeling, Vol. 56, No. 3, pp. 510-516, Feb. 2016.  公式リンク  
  
• Masahiro Yano, Hiroshi Mori, Yutaka Akiyama, Takuji Yamada, Ken Kurokawa. CLAST: CUDA implemented large-scale alignment search tool, BMC Bioinformatics 2014, 15, 406, Dec. 2014.  公式リンク  
  
• T. Yamada, A. S. Waller, J. Raes, A. Zelezniak, N. Perchat, A. Perret, M. Salanoubat, K. R. Patil, J. Weissenbach, P. Bork. Prediction and identification of sequences coding for orphan enzymes using genomic and metagenomic neighbours, Mol Syst Biol, Vol. 8, pp. 581, 2012.  公式リンク  
  
• D. M. Kristensen, A. S. Waller, T. Yamada, P. Bork, A. R. Mushegian, E. V. Koonin. Orthologous gene clusters and taxon signature genes for viruses of prokaryotes, J Bacteriol, 2012.  公式リンク  
  
• M. Arumugam, J. Raes, E. Pelletier, D. Le Paslier, T. Yamada, D. R. Mende, G. R. Fernandes, J. Tap, T. Bruls, J. M. Batto, M. Bertalan, N. Borruel, F. Casellas, L. Fernandez, L. Gautier, T. Hansen, M. Hattori, T. Hayashi, M. Kleerebezem, K. Kurokawa, M. Leclerc, F. Levenez, C. Manichanh, H. B. Nielsen, T. Nielsen, N. Pons, J. Poulain, J. Qin, T. Sicheritz-Ponten, S. Tims, D. Torrents, E. Ugarte, E. G. Zoetendal, J. Wang, F. Guarner, O. Pedersen, W. M. de Vos, S. Brunak, J. Dore, M. Antoln, F. Artiguenave, H. M. Blottiere, M. Almeida, C. Brechot, C. Cara, C. Chervaux, A. Cultrone, C. Delorme, G. Denariaz, R. Dervyn, K. U. Foerstner, C. Friss, M. van de Guchte, E. Guedon, F. Haimet, W. Huber, J. van Hylckama-Vlieg, A. Jamet, C. Juste, G. Kaci, J. Knol, O. Lakhdari, S. Layec, K. Le Roux, E. Maguin, A. M駻ieux, R. Melo Minardi, C. M'rini, J. Muller, R. Oozeer, J. Parkhill, P. Renault, M. Rescigno, N. Sanchez, S. Sunagawa, A. Torrejon, K. Turner, G. Vandemeulebrouck, E. Varela, Y. Winogradsky, G. Zeller, J. Weissenbach, S. D. Ehrlich, P. Bork, MetaHIT Consortium. Enterotypes of the human gut microbiome, Nature, Vol. 473, pp. 174-80, 2011.  公式リンク  
  
• J. K. Colbourne, M. E. Pfrender, D. Gilbert, W. K. Thomas, A. Tucker, T. H. Oakley, S. Tokishita, A. Aerts, G. J. Arnold, M. K. Basu, D. J. Bauer, C. E. C.ceres, L. Carmel, C. Casola, J. H. Choi, J. C. Detter, Q. Dong, S. Dusheyko, B. D. Eads, T. Frlich, K. A. Geiler-Samerotte, D. Gerlach, P. Hatcher, S. Jogdeo, J. Krijgsveld, E. V. Kriventseva, D. K. ltz, C. Laforsch, E. Lindquist, J. Lopez, J. R. Manak, J. Muller, J. Pangilinan, R. P. Patwardhan, S. Pitluck, E. J. Pritham, A. Rechtsteiner, M. Rho, I. B. Rogozin, O. Sakarya, A. Salamov, S. Schaack, H. Shapiro, Y. Shiga, C. Skalitzky, Z. Smith, A. Souvorov, W. Sung, Z. Tang, D. Tsuchiya, H. Tu, H. Vos, M. Wang, Y. I. Wolf, H. Yamagata, T. Yamada, Y. Ye, J. R. Shaw, J. Andrews, T. J. Crease, H. Tang, S. M. Lucas, H. M. Robertson, P. Bork, E. V. Koonin, E. M. Zdobnov, I. V. Grigoriev, M. Lynch, J. L. Boore. The ecoresponsive genome of Daphnia pulex, Science, Vol. 331, pp. 555-61, 2011.  公式リンク  
  
• J. Raes, I. Letunic, T. Yamada, L. J. Jensen, P. Bork. Toward molecular trait-based ecology through integration of biogeochemical, geographical and metagenomic data, Mol Syst Biol, Vol. 7, pp. 473, 2011.  公式リンク  
  
• J. Raes, I. Letunic, T. Yamada, L. J. Jensen, P. Bork. Toward molecular trait-based ecology through integration of biogeochemical, geographical and metagenomic data, Mol Syst Biol, Vol. 7, pp. 473, 2011.  公式リンク  
  
• T. Yamada, I. Letunic, S. Okuda, M. Kanehisa, P. Bork. iPath2.0: interactive pathway explorer, Nucleic Acids Res, Vol. 39, pp. W412-5, 2011.  公式リンク  
  
• J. H. Werren, S. Richards, C. A. Desjardins, O. Niehuis, J. Gadau, J. K. Colbourne, L. W. Beukeboom, C. Desplan, C. G. Elsik, C. J. Grimmelikhuijzen, P. Kitts, J. A. Lynch, T. Murphy, D. C. Oliveira, C. D. Smith, L. van de Zande, K. C. Worley, E. M. Zdobnov, M. Aerts, S. Albert, V. H. Anaya, J. M. Anzola, A. R. Barchuk, S. K. Behura, A. N. Bera, M. R. Berenbaum, R. C. Bertossa, M. M. Bitondi, S. R. Bordenstein, P. Bork, E. Bornberg-Bauer, M. Brunain, G. Cazzamali, L. Chaboub, J. Chacko, D. Chavez, C. P. Childers, J. H. Choi, M. E. Clark, C. Claudianos, R. A. Clinton, A. G. Cree, A. S. Cristino, P. M. Dang, A. C. Darby, D. C. de Graaf, B. Devreese, H. H. Dinh, R. Edwards, N. Elango, E. Elhaik, O. Ermolaeva, J. D. Evans, S. Foret, G. R. Fowler, D. Gerlach, J. D. Gibson, D. G. Gilbert, D. Graur, S. Grnder, D. E. Hagen, Y. Han, F. Hauser, D. Hultmark, H. C. Hunter, G. D. Hurst, S. N. Jhangian, H. Jiang, R. M. Johnson, A. K. Jones, T. Junier, T. Kadowaki, A. Kamping, Y. Kapustin, B. Kechavarzi, J. Kim, B. Kiryutin, T. Koevoets, C. L. Kovar, E. V. Kriventseva, R. Kucharski, H. Lee, S. L. Lee, K. Lees, L. R. Lewis, D. W. Loehlin, J. M. Logsdon, J. A. Lopez, R. J. Lozado, D. Maglott, R. Maleszka, A. Mayampurath, D. J. Mazur, M. A. McClure, A. D. Moore, M. B. Morgan, J. Muller, M. C. Munoz-Torres, D. M. Muzny, L. V. Nazareth, S. Neupert, N. B. Nguyen, F. M. Nunes, J. G. Oakeshott, G. O. Okwuonu, B. A. Pannebakker, V. R. Pejaver, Z. Peng, S. C. Pratt, R. Predel, L. L. Pu, H. Ranson, R. Raychoudhury, A. Rechtsteiner, J. T. Reese, J. G. Reid, M. Riddle, H. M. Robertson, J. Romero-Severson, M. Rosenberg, T. B. Sackton, D. B. Sattelle, H. Schlns, T. Schmitt, M. Schneider, A. Schler, A. M. Schurko, D. M. Shuker, Z. L. Simies, S. Sinha, Z. Smith, V. Solovyev, A. Souvorov, A. Springauf, E. Stafflinger, D. E. Stage, M. Stanke, Y. Tanaka, A. Telschow, C. Trent, S. Vattathil, E. C. Verhulst, L. Viljakainen, K. W. Wanner, R. M. Waterhouse, J. B. Whitfield, T. E. Wilkes, M. Williamson, J. H. Willis, F. Wolschin, S. Wyder, T. Yamada, S. V. Yi, C. N. Zecher, L. Zhang, R. A. Gibbs, Nasonia Genome Working Group. Functional and evolutionary insights from the genomes of three parasitoid Nasonia species, Science, Vol. 327, pp. 343-8, 2010.  公式リンク  
  
• J. Qin, R. Li, J. Raes, M. Arumugam, K. S. Burgdorf, C. Manichanh, T. Nielsen, N. Pons, F. Levenez, T. Yamada, D. R. Mende, J. Li, J. Xu, S. Li, D. Li, J. Cao, B. Wang, H. Liang, H. Zheng, Y. Xie, J. Tap, P. Lepage, M. Bertalan, J. M. Batto, T. Hansen, D. Le Paslier, A. Linneberg, H. B. Nielsen, E. Pelletier, P. Renault, T. Sicheritz-Ponten, K. Turner, H. Zhu, C. Yu, M. Jian, Y. Zhou, Y. Li, X. Zhang, N. Qin, H. Yang, J. Wang, S. Brunak, J. Dore, F. Guarner, K. Kristiansen, O. Pedersen, J. Parkhill, J. Weissenbach, P. Bork, S. D. Ehrlich, MetaHIT Consortium. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing, Nature, Vol. 464, pp. 59-65, 2010.  公式リンク  
  
• E. Yus, T. Maier, K. Michalodimitrakis, V. van Noort, T. Yamada, W. H. Chen, J. A. Wodke, M. Guell, S. Martnez, R. Bourgeois, S. Kuhner, E. Raineri, I. Letunic, O. V. Kalinina, M. Rode, R. Herrmann, R. GutiErrez-Gallego, R. B. Russell, A. C. Gavin, P. Bork, L. Serrano. Impact of genome reduction on bacterial metabolism and its regulation, Science, Vol. 326, pp. 1263-8, 2009.  公式リンク  
  
• T. Yamada, P. Bork. Evolution of biomolecular networks: lessons from metabolic and protein interactions, Nat Rev Mol Cell Biol, Vol. 10, pp. 791-803, 2009.  公式リンク  
  
• M. Guell, V. van Noort, E. Yus, W. H. Chen, J. Leigh-Bell, K. Michalodimitrakis, T. Yamada, M. Arumugam, T. Doerks, S. Kuhner, M. Rode, M. Suyama, S. Schmidt, A. C. Gavin, P. Bork, L. Serrano. Transcriptome complexity in a genome-reduced bacterium, Science, Vol. 326, pp. 1268-71, 2009.  公式リンク  
  
• T. A. Gianoulis, J. Raes, P. V. Patel, R. Bjornson, J. O. Korbel, I. Letunic, T. Yamada, A. Paccanaro, L. J. Jensen, M. Snyder, P. Bork, M. B. Gerstein. Quantifying environmental adaptation of metabolic pathways in metagenomics, Proc Natl Acad Sci U S A, Vol. 106, pp. 1374-9, 2009.  公式リンク  
  
• S. Kuhner, V. van Noort, M. J. Betts, A. Leo-Macias, C. Batisse, M. Rode, T. Yamada, T. Maier, S. Bader, P. Beltran-Alvarez, D. Castao-Diez, W. H. Chen, D. Devos, M. Guell, T. Norambuena, I. Racke, V. Rybin, A. Schmidt, E. Yus, R. Aebersold, R. Herrmann, B. Bttcher, A. S. Frangakis, R. B. Russell, L. Serrano, P. Bork, A. C. Gavin. Proteome organization in a genome-reduced bacterium, Science, Vol. 326, pp. 1235-40, 2009.  公式リンク  
  
• S. Okuda, T. Yamada, M. Hamajima, M. Itoh, T. Katayama, P. Bork, S. Goto, M. Kanehisa. KEGG Atlas mapping for global analysis of metabolic pathways, Nucleic Acids Res, Vol. 36, pp. W423-6, 2008.  公式リンク  
  
• I. Letunic, T. Yamada, M. Kanehisa, P. Bork. iPath: interactive exploration of biochemical pathways and networks, Trends Biochem Sci, Vol. 33, pp. 101-3, 2008.  公式リンク  
  

特許など

• 山田拓司, 新開　省二, 北村　明彦, 牛田　一成, 土田　さやか, 上田　敦史, 甲田　哲之, 狩屋　貴洋, 川原　知浩, 小林　洋大. 脳機能の低下の予防若しくは治療、又は脳機能の維持若しくは改善をするための組成物. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学, 大塚製薬株式会社. 2021/12/03. PCT/JP2021/044393. 2022/06/09. WO 2022/118944. 2022.
• 山田拓司, 山本希, 小谷野仁, 澤田　和典　 , 矢後　妃奈子　 . 発酵原料の発酵産物の産生促進用組成物及びそれを使用する発酵製品の製造方法. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, 株式会社ぐるなび. 2021/05/25. 特願2021-087971. 特許第6953106号. 2021/10/01 2021.
• 山田拓司, 澤田　和典　. 免疫鎮静作用を有する乳酸菌. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, 株式会社ぐるなび. 2021/05/21. 特願2021-086401. 特許第6928195号. 2021/08/10 2021.
• 山田拓司, 澤田　和典　. 免疫賦活化作用を有する乳酸菌. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, 株式会社ぐるなび. 2021/05/21. 特願2021-086355. 2022/12/02. 特開2022-179099. 特許第7337878号. 2023/08/25 2023.
• 山田拓司, 澤田　和典. 免疫賦活化作用を有する乳酸菌. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, 株式会社ぐるなび. 2021/05/21. 特願2021-086460. 特許第7077458号. 2022/05/20 2022.
• 山田拓司, 山本希, 小谷野仁, 澤田　和典　, 矢後　妃奈子　. 発酵原料の発酵産物の産生抑制用組成物及びそれを使用する発酵製品の製造方法. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, 株式会社ぐるなび. 2021/05/25. 特願2021-087947. 特許第6973968号. 2021/11/08 2021.
• 山田拓司, 山本希, 小谷野仁, 澤田　和典, 矢後　妃奈子. 発酵原料の発酵産物の産生促進用組成物及びそれを使用する発酵製品の製造方法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学, 株式会社ぐるなび. 2021/03/31. 特願2021-061337. 2022/10/14. 特開2022-157231. 2022.
• 山田拓司, 山本希, 小谷野仁, 澤田　和典, 矢後　妃奈子. 発酵原料の発酵産物の産生抑制用組成物及びそれを使用する発酵製品の製造方法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学, 株式会社ぐるなび. 2021/03/31. 特願2021-061457. 2022/10/14. 特開2022-157316. 2022.
• 山田拓司, 山本希, 小谷野仁, 澤田　和典, 矢後　妃奈子. 発酵原料の発酵産物の産生促進用組成物及びそれを使用する発酵製品の製造方法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学, 株式会社ぐるなび. 2021/03/31. 特願2021-061471. 2022/10/14. 特開2022-157325. 2022.
• 山田拓司, 山本希, 小谷野仁, 澤田　和典, 矢後　妃奈子. 発酵原料の発酵産物の産生抑制用組成物及びそれを使用する発酵製品の製造方法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学, 株式会社ぐるなび. 2021/03/31. 特願2021-061367. 2022/10/14. 特開2022-157250. 2022.
• 山田拓司, 福田　真嗣　, 谷内田 真一　. 早期大腸癌の検出方法. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, 学校法人慶應義塾, 国立研究開発法人　国立がん研究センター. 2019/02/04. 特願2019-569632. 2021/04/08. 再表2019/151515. 特許第6896258号. 2021/06/11 2021.

[ BibTeX 形式で保存 ]    [ 論文・著書をCSV形式で保存 ]    [ 特許をCSV形式で保存 ]