論文

• Keisuke Yanagisawa, Takuya Fujie, Kazuki Takabatake, Yutaka Akiyama. QUBO Problem Formulation of Fragment-Based Protein–Ligand Flexible Docking, Entropy, MDPI, 26, Apr. 2024.  公式リンク  
  

国際会議発表 (査読有り)

• Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization, 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Proceedings of the 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Association for Computing Machinery, Page 1082-1091, Aug. 2024.  公式リンク  
  

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Yudai Noso, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development and Application of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations, 21st IUPAB and 62nd BSJ joint congress 2024, American Chemical Society, June 2024.  公式リンク  
  

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 杉田 昌岳, 藤江 拓哉, 能祖 雄大, 柳澤 渓甫, 大上 雅史, 秋山 泰. 拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用, 第24回日本蛋白質科学会年会, June 2024.
• 李 佳男, 柳澤 渓甫, 秋山 泰. CycPeptMP：マルチレベルの分子特徴とデータ拡張による環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発, 第147回MPS・第77回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 15, 1-8, Mar. 2024.

その他の論文・著書など

• 清水 正義, 柳澤 渓甫, 秋山 泰. 有望なフラグメント空間配置対に基づく化合物プレスクリーニング手法の開発, 情報処理学会 第148回MPS・第78回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 38, 1-8, June 2024.
• 赤木 果歩, 柳澤 渓甫, 秋山 泰. 共溶媒分子動力学法による化合物ドッキング向けのバイアス情報の取得, 情報処理学会 第148回MPS・第78回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 37, 1-8, June 2024.
• 布部 絢子, 柳澤 渓甫, 秋山 泰. フラグメントに基づくバーチャルスクリーニングへの利用などを目指したフラグメント集合の選定, 情報処理学会 第77回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 31, 1-7, Mar. 2024.

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