論文

• Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. Design of cyclic peptides targeting protein–protein interactions using AlphaFold, International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 24, 17, Aug. 2023.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Yuki Kojima, Takatsugu Kosugi. Generating potential protein-protein interaction inhibitor molecules based on physicochemical properties, Molecules, MDPI, 28, 15, July 2023.  公式リンク  
  
• Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. Solubility-aware protein binding peptide design using AlphaFold, Biomedicines, MDPI, Volume 10, Issue 7, July 2022.  公式リンク  
  
• Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. Quantitative Estimate Index for Early-Stage Screening of Compounds Targeting Protein-Protein Interactions, International Journal of Molecular Sciences, MDPI, Volume 22, Issue 20, Oct. 2021.  公式リンク  
  

国際会議発表 (査読有り)

• Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. Quantitative estimate of protein-protein interaction targeting drug-likeness, 2021 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), In Proceedings of The 18th IEEE International Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB 2021), IEEE, pp. 1-8, Oct. 2021.  公式リンク  
  

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 冨樫慧乃辰, 小杉孝嗣, 大上雅史. AlphaFoldを用いたタンパク質-特殊環状ペプチド複合体予測, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 14, 1-8, Feb. 2024.  公式リンク  
  
• 冨樫 慧乃辰, 小杉 孝嗣, 大上 雅史. Docking prediction of cyclic peptide- protein complex by AlphaFold Multimer with cyclic offset, 第61回日本生物物理学会年会, Nov. 2023.  公式リンク  
  
• 冨樫 慧乃辰, 小杉 孝嗣, 大上 雅史. Docking prediction of cyclic peptide- protein complex by AlphaFold Multimer with cyclic offset, CBI学会2023年大会, Oct. 2023.  公式リンク  
  
• 小杉 孝嗣, 大上 雅史. Design of Cyclic Peptides Targeting Protein-Protein Interactions using AlphaFold, CBI学会2023年大会, Oct. 2023.  公式リンク  
  
• 冨樫慧乃辰, 小杉孝嗣, 大上雅史. Cyclic offsetを導入したAlphaFold multimerによる環状ペプチド複合体構造予測, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2023-BIO-74, 41, 1-6, June 2023.  公式リンク  
  
• Yuki Kojima, Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. Molecular Generation for Protein-Protein Interaction Inhibitor Design focusing on Physicochemical Properties, CBI学会2022年大会, Oct. 2022.  公式リンク  
  
• 兒嶋佑季, 小杉孝嗣, 大上雅史. タンパク質間相互作用阻害化合物ライブラリ構築のための分子生成手法の開発, 第6回Tokyo Bioinformatics Meeting, Oct. 2022.  公式リンク  
  
• Yuki Kojima, Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. Molecular Generation for Protein-Protein Interaction Inhibitor Design focusing on Physicochemical Properties, IIBMP2022, Sept. 2022.  公式リンク  
  
• Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. Solubility-Aware Protein Binding Peptide Design Using AlphaFold, IIBMP2022, Sept. 2022.  公式リンク  
  
• 兒嶋佑季, 小杉孝嗣, 大上雅史. 物理化学的特性に着目したタンパク質間相互作用阻害候補化合物の生成, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2022-BIO-70, 48, 1-6, June 2022.  公式リンク  
  
• 兒嶋佑季, 小杉孝嗣, 大上雅史. タンパク質間相互作用阻害剤設計のための分子生成手法の開発, 第26回オープンバイオ研究会, Mar. 2022.  公式リンク  
  
• 兒嶋佑季, 小杉孝嗣, 大上雅史. タンパク質間相互作用阻害剤設計のための分子生成手法の開発, 情報処理学会第84回全国大会, Mar. 2022.  公式リンク  
  
• Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. Quantitative Estimate Index for Early-Stage Screening of Compounds Targeting Protein-Protein Interactions, 第5回Tokyo Bioinformatics Meeting, Nov. 2021.
• Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. Development of a Quantitative Estimate Index for Early-Stage Screening of Compounds Targeting Protein-Protein Interactions, 第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）, Sept. 2021.  公式リンク  
  

学位論文

• Computational Peptide Design Methods for Drug Discovery Targeting Protein-Protein Interactions,  Exam Summary,  Doctor (Engineering),  Tokyo Institute of Technology,  2024/09/20,   
• Computational Peptide Design Methods for Drug Discovery Targeting Protein-Protein Interactions,  Summary,  Doctor (Engineering),  Tokyo Institute of Technology,  2024/09/20,   
• Computational Peptide Design Methods for Drug Discovery Targeting Protein-Protein Interactions,  Thesis,  Doctor (Engineering),  Tokyo Institute of Technology,  2024/09/20,   

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