論文

• Keisuke Yanagisawa, Takuya Fujie, Kazuki Takabatake, Yutaka Akiyama. QUBO Problem Formulation of Fragment-Based Protein–Ligand Flexible Docking, Entropy, MDPI, 26, Apr. 2024.  公式リンク  
  
• Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Yohsuke Hagiwara, Takashi Ishida, Daniel Ken Inaoka, Yasushi Amano, Yukihiro Tateishi, Kazuki Ohno, Ichiji Namatame, Tatsuya Niimi, Masaya Orita, Kiyoshi Kita, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima. Discovery of a Hidden Trypanosoma cruzi Spermidine Synthase Binding Site and Inhibitors through In Silico, In Vitro, and X-ray Crystallography, ACS omega, Vol. 8, No. 29, pp. 25850-25860, July 2023.
• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations, Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, Volume 62, Issue 18, pp. 4549-4560, Sept. 2022.  公式リンク  
  
• Keisuke Yanagisawa, Rikuto Kubota, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Effective Protein-Ligand Docking Strategy via Fragment Reuse and a Proof-of-Concept Implementation, ACS Omega, American Chemical Society, Volume 7, Issue 34, pp. 30265-30274, Aug. 2022.  公式リンク  
  
• Jianan Li, Yanagisawa K, Yoshikawa Y, Ohue M, Akiyama Y.. Plasma protein binding prediction focusing on residue-level features and circularity of cyclic peptides by deep learning, Bioinformatics, Volume 38, Issue 4, 1110-1117, Feb. 2022.  公式リンク  
  
• Takabatake K, Yanagisawa K, Akiyama Y.. Solving Generalized Polyomino Puzzles Using the Ising Model, Entropy, MDPI, Vol. 24, Issue (3), pp. 354, Feb. 2022.
• Takabatake K, Izawa K, Akikawa M, Yanagisawa K, Ohue M, Akiyama Y.. Improved large-scale homology search by two-step seed search using multiple reduced amino acid alphabets, Genes, 12, 9, 1455, Sept. 2021.  公式リンク  
  
• Sugita M, Sugiyama S, Takuya Fujie, Yoshikawa Y, Yanagisawa K, Ohue M, Akiyama Y.. Large-scale membrane permeability prediction of cyclic peptides crossing a lipid bilayer based on enhanced sampling molecular dynamics simulations, Journal of Chemical Information and Modeling, 61, 7, 3681-3695, July 2021.  公式リンク  
  
• Izawa K, Okamoto-Shibayama K, Kita D, Tomita S, Saito A, Ishida T, Ohue M, Akiyama Y, Ishihara K.. Taxonomic and gene category analyses of subgingival plaques from a group of Japanese individuals with and without periodontitis, International Journal of Molecular Sciences, International Journal of Molecular Sciences, Volume 22, Issue 10, 5298, May 2021.  公式リンク  
  
• Kosuke Fujimoto, Yasumasa Kimura, Jessica R Allegretti, Mako Yamamoto, Yao-zhong Zhang, Kotoe Katayama, Georg Tremmel, Yunosuke Kawaguchi, Masaki Shimohigoshi, Tetsuya Hayashi, Miho Uematsu, Kiyoshi Yamaguchi, Yoichi Furukawa, Yutaka Akiyama, Rui Yamaguchi, Sheila E. Crowe, Peter B. Ernst, Satoru Miyano, Hiroshi Kiyono, Seiya Imoto, Satoshi Uematsu. Functional Restoration of Bacteriomes and Viromes by Fecal Microbiota Transplantation, Gastroenterology, Elsevier, Volume 160, Issue 6, Page 2089-2102.e12, May 2021.
• Fujimoto K, Kimura Y, Shimohigoshi M, Satoh T, Sato S, Tremmel G, Uematsu M, Kawaguchi Y, Usui Y, Hayashi T, Kashima K, Yuki Y, Furukawa Y, Kakuta M, Yutaka Akiyama, Yamaguchi R, Crowe SE, Ernst PB, Miyano S, Kiyono H, Imoto S, Uematsu S. Data on Intestinal Phage-Bacteria Associations Aids the Development of Phage Therapy against Pathobionts, Cell Host & Microbe, Elsevier, Volume 28, Issue 3, Page 380-389, Sept. 2020.
• Izawa K, Kubosaki A, Kobayashi N, Akiyama Y, Yamazaki A, Hashimoto K, Konuma R, Kamata Y, Hara-Kudo Y, Hasegawa K, Ikaga T, Watanabe M. Comprehensive Fungal Community Analysis of House Dust Using Next-Generation Sequencing, International Journal of Environmental Research and Public Health, Volume 17, Issue 16, 5842, Aug. 2020.
• Aizhen Ren, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Mathematical proof of the third order accuracy of the speedy double botstrap method, Communication in Statistics-Theory and Methods, Taylor & Francis, Vol. 49, issue 16, pp. 3950-3964, Aug. 2020.
• Shumpei Matsuno, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multidomain protein structure prediction using information about residues interacting on multimeric protein interfaces, Biophysics and Physicobiology, Vol. 17, pp. 2-13, Jan. 2020.  公式リンク  
  
• Kento Aoyama, Masanori Kakuta, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development of computational pipeline software for genome/exome analysis on the K computer, Supercomputing Frontiers and Innovations, Vol. 7, No. 1, pp. 37-54, 2020.  公式リンク  
  
• Shuntaro Chiba, Masahito Ohue, Anastasiia Gryniukova, Petro Borysko, Sergey Zozulya, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Kazuyoshi Ikeda, Woong-Hee Shin, Daisuke Kihara, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Takaaki Ichikawa, Reiji Teramoto, Kun-Yi Hsin, Vipul Gupta, Hiroaki Kitano, Mika Sakamoto, Akiko Higuchi, Nobuaki Miura, Kei Yura, Masahiro Mochizuki, Chandrasekaran Ramakrishnan, A. Mary Thangakani, D. Velmurugan, M. Michael Gromiha, Itsuo Nakane, Nanako Uchida, Hayase Hakariya, Modong Tan, Hironori Nakamura, Shogo Suzuki, Tomoki Ito, Masahiro Kawatani, Kentaroh Kudoh, Sakurako Takashina, Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Daisuke Kobayashi, Tatsuya Okuno, Shintaro Minami, George Chikenji, Philip Prathipati, Chioko Nagao, Attayeb Mohsen, Mari Ito, Kenji Mizuguchi, Teruki Honma, Takashi Ishida, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima.. A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1, Scientific Reports, 9, Dec. 2019.  公式リンク  
  
• Ohue M, Shogo Suzuki, Akiyama Y.. Learning-to-rank technique based on ignoring meaningless ranking orders between compounds, Journal of Molecular Graphics and Modelling, Elsevier, Volume 92, pp. 192-200, Nov. 2019.  公式リンク  
  
• Ban T, Ohue M, Akiyama Y.. NRLMFβ: Bata-distribution-rescored Neighborhood Regularized Logistic Matrix Factorization for Improving Performance of Drug–Target Interaction Prediction, Biochemistry and Biophysics Reports, Elsevier, Volume 18, July 2019.  公式リンク  
  
• Takashi Tajimi, Naoki Wakui, Keisuke Yanagisawa, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Computational prediction of plasma protein binding of cyclic peptides from small molecule experimental data using sparse modeling techniques, BMC Bioinformatics, Springer Nature, Volume 19, Dec. 2018.  公式リンク  
  
• Naomi Wakayama, Kota Toshimoto, Kazuya Maeda, Shun Hotta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Yuichi Sugiyama. In Silico Prediction of Major Clearance Pathways of Drugs among 9 Routes with Two-Step Support Vector Machines, Pharmaceutical Research, Springer US, 35:197, 10, pp. 1-21, Oct. 2018.
• Wakayama N, Toshimoto K, Maeda K, Hotta S, Ishida T, Akiyama Y, Sugiyama Y.. In Silico Prediction of Major Clearance Pathways of Drugs among 9 Routes with Two-Step Support Vector Machines, Pharmaceutical Research, Aug. 2018.
• Masahiro Mochizuki, Shogo Suzuki, Yanagisawa K, Ohue M, Akiyama Y.. QEX: target-specific druglikeness filter enhances ligand-based virtual screening, Molecular Diversity, Springer, Volume 23, issue 1, pp. 11-18, July 2018.  公式リンク  
  
• Shogo Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. PKRank: a novel learning-to-rank method for ligand-based virtual screening using pairwise kernel and RankSVM, Artificial Life and Robotics, Springer Japan, 23, 2, 205-212, June 2018.  公式リンク  
  
• Yanagisawa K, Komine S, Kubota R, Ohue M, Akiyama Y.. Optimization of memory use of fragment extension-based protein–ligand docking with an original fast minimum cost flow algorithm, Computational Biology and Chemistry (In Proc. APBC2018), Volume 74, Page 399-406, June 2018.  公式リンク  
  
• Hayashi T, Matsuzaki Y, Yanagisawa K, Ohue M, Akiyama Y.. MEGADOCK-Web: an integrated database of high-throughput structure-based protein-protein interaction predictions, BMC Bioinformatics (In Proc. APBC2018), 19, (Suppl 4), 62, May 2018.  公式リンク  
  
• Ban T, Masahito O, Yutaka Akiyama. Multiple grid arrangement improves ligand docking with unknown binding sites: Application to the inverse docking problem, Computational Biology and Chemistry, Volume 73, Page 139-146, Apr. 2018.  公式リンク  
  
• Ramakrishnan C, Thangakani AM, Velmurugan D, Krishnan DA, Sekijima M, Akiyama Y, Gromiha MM.. Identification of type I and type II inhibitors of c-Yes kinase using in silico and experimental techniques, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Volume 36, Issue 6, Page 1566-1576, 2018.
• Masanori Kakuta, Shuji Suzuki, Kazuki Izawa, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. A Massively Parallel Sequence Similarity Search for Metagenomic Sequencing Data, International Journal of Molecular Sciences, Multidisciplinary Digital Publishing Institute, Vol. 18, No. 10, pp. 2124, Oct. 2017.
• Shuntaro Chiba, Takashi Ishida, Kazuyoshi Ikeda, Masahiro Mochizuki, Reiji Teramoto, Y-h. Taguchi, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Chandrasekaran Ramakrishnan, A. Mary Thangakani, D. Velmurugan, M. Michael Gromiha, Tatsuya Okuno, Koya Kato, Shintaro Minami, George Chikenji, Shogo D. Suzuki, Keisuke Yanagisawa, Woong-Hee Shin, Daisuke Kihara, Kazuki Z. Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Sergey Zozulya, Petro Borysko, Roman Stavniichuk, Teruki Honma, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima. An iterative compound screening contest method for identifying target protein inhibitors using the tyrosine-protein kinase Yes, Scientific Reports, Nature Publishing Group, Vol. 7, No. 12038, pp. 1-13, Sept. 2017.
• Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Yohsuke Hagiwara, Takashi Ishida, Daniel Ken Inaoka, Yasushi Amano, Yukihiro Tateishi, Kazuki Ohno, Ichiji Namatame, Tatsuya Niimi, Masaya Orita, Kiyoshi Kita, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima. In silico, in vitro, X-ray crystallography, and integrated strategies for discovering spermidine synthase inhibitors for Chagas disease, Scientific Reports, Springer Nature, 7, July 2017.
• Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Rigid-Docking Approaches to Explore Protein–Protein Interaction Space, Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology(Network Biology), Springer, Cham, volume 160, pp. 33-35, May 2017.  公式リンク  
  
• Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Masahito Ohue, Masanori Kakuta, Yutaka Akiyama. GHOSTX: A Fast Sequence Homology Search Tool for Functional Annotation of Metagenomic Data, Methods in Molecular Biology(Protein Function Prediction), Springer, Volume 1611, pp. 15-25, Apr. 2017.  公式リンク  
  
• Yanagisawa K, Komine S, Shogo Suzuki, Ohue M, Ishida T, Akiyama Y.. Spresso: an ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition, Bioinformatics, OXFORD Academic, Volume 33, Issue 23, Page 3836-3843, Mar. 2017.  公式リンク  
  
• Kota Kasahara, Benson Ma, Kota Goto, Bhaskar Dasgupta, Junichi Higo, Ikuo Fukuda, Tadaaki Mashimo, Yutaka Akiyama, Haruki Nakamura. myPresto/omegagene: a GPU-accelerated molecular dynamics simulator tailored for enhanced conformational sampling methods with a non-Ewald electrostatic scheme, Biophysics and Physicobiology, Vol. 13（2016）, p. 209-216, Aug. 2016.
• Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. GPU-Acceleration of Sequence Homology Searches with Database Subsequence Clustering, PLOS ONE, Vol. 11, No. 8, e0157338, Aug. 2016.
• Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Specificity of broad protein interaction surfaces for proteins with multiple binding partners, Biophysics and Physicobiology, THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, Vol. 13, pp. 105-115, July 2016.  公式リンク  
  
• Atsushi Ose, Kota Toshimoto, Kazushi Ikeda, Kazuya Maeda, Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Mitsuru Hashida, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Yuichi Sugiyama. Development of a Support Vector Machine-Based System to Predict Whether a Compound Is a Substrate of a Given Drug Transporter Using Its Chemical Structure, Journal of Pharmaceutical Sciences, Vol. 105, No. 77, p. 2222-2230, July 2016.
• 青山 健人, 角田 将典, 松崎 由理, 石田 貴士, 秋山 泰. スーパーコンピュータ「京」上でのエクソーム解析パイプラインの開発, 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム（ACS）, Vol. 9, No. 2, p. 15-33, July 2016.
• Shuntaro Chiba, Kazuyoshi Ikeda, Takashi Ishida, M. Michael Gromiha, Y-h. Taguchi, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Kun-Yi Hsin, Hiroaki Kitano, Kazuki Yamamoto, Nobuyoshi Sugaya, Koya Kato, Tatsuya Okuno, George Chikenji, Masahiro Mochizuki, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Keisuke Yanagisawa, Tomohiro Ban, Reiji Teramoto, Chandrasekaran Ramakrishnan, A. Mary Thangakani, D. Velmurugan, Philip Prathipati, Junichi Ito, Yuko Tsuchiya, Kenji Mizuguchi, Teruki Honma, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima. Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target, Scientific Reports, Vol. 5, No. 17209, Nov. 2015.
• Keisuke Yanagisawa, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Drug Clearance Pathway Prediction Based on Semi-supervised Learning, IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol. 8, pp. 21-27, Aug. 2015.  公式リンク  
  
• Suzuki S, Kakuta M, Ishida T, Akiyama Y.. Faster sequence homology searches by clustering subsequences, Bioinformatics, 31, 8, 1183-90, Apr. 2015.  公式リンク  
  
• Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama.. Protein-Protein Docking on Hardware Accelerators : Comparison of GPU and MIC Architectures, The Thirteenth Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015), BMC Systems Biology, BioMed Central, Vol. 9, No. Suppl 1, Jan. 2015.  公式リンク  
  
• Masahiro Yano, Hiroshi Mori, Yutaka Akiyama, Takuji Yamada, Ken Kurokawa. CLAST: CUDA implemented large-scale alignment search tool, BMC Bioinformatics 2014, 15, 406, Dec. 2014.  公式リンク  
  
• Suzuki, S, Ishida, T, Akiyama, Y. GHOSTX: An improved sequence homology search algorithm using a query suffix array and a database suffix array, PLoS ONE, Vol. 6, No. 9, e103833, Aug. 2014.
• Ohue, M., Shimoda, T., Suzuki, S., Matsuzaki, Y., Ishida, T., Akiyama, Y.. MEGADOCK 4.0: an ultra–high-performance protein–protein docking software for heterogeneous supercomputers, Bioinformatics, Oxford University Press, Vol. 30, No. 22, pp. 3281-3283, Aug. 2014.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structure data, Protein and Peptide Letters, Bentham Science, Volume 21, Issue 8, Page 766-778, June 2014.  公式リンク  
  
• You H, Kim GE, Na CH, Lee S, Lee CJ, Cho KH, Akiyama Y, Ishida T, No KT.. An empirical model for gas phase acidity and basicity estimation, SAR and QSAR in Environmental Research, Vol. 25, No. 2, pp. 91-115, Feb. 2014.
• Toshimoto K, Wakayama N, Kusama M, Maeda K, Sugiyama Y, Akiyama Y. In silico prediction of major drug clearance pathways by support vector machines with feature-selected descriptors, Drug Metabolism and Disposition, 42, 11, 1811-9, 2014.
• Satoshi Matsuoka, Hitoshi Sato, Osamu Tatebe, Michihiro Koibuchi, Ikki Fujiwara, Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Toyotaro Suzumura, Koji Ueno, Hiroki Kanezashi, Takemasa Miyoshi.. Extreme Big Data (EBD): Next Generation Big Data Infrastructure Technologies Towards Yottabyte/Year, Supercomputing frontiers and innovations, Vol. 1, No. 2, pp. 89-107, 2014.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consensus Between Template-Based and de Novo Docking Methods, BMC Proceedings, BioMed Central, Volume 7, Supplement 7, S6, Dec. 2013.  公式リンク  
  
• 石田 貴史, 秋山泰, 関嶋 政和, 大野 一樹, 折田 正弥. 顧みられない熱帯病に対するIT創薬の現状 (今田治教授退任記念号・兵藤友博教授退任記念号), 立命館経営学, 立命館大学, Vol. 52, No. 2, pp. 267-282, Nov. 2013.
• Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Toshiyuki Sato, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK 3.0: A high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing environments, Source Code for Biology and Medicine, BioMed Central, Vol. 8, No. 1, Sept. 2013.  公式リンク  
  
• Hagiwara Y, Ohno K, Orita M, Koga R, Endo T, Akiyama Y, Sekijima M.. Accelerating quantum chemistry calculations with graphical processing units - toward in high-density (HD) silico drug discovery, Curr Comput Aided Drug Des. 2013, Vol. 9, No. 3, pp. 396-401, Sept. 2013.
• Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama. Re-docking scheme for generating near-native protein complexes by assembling residue interaction fingerprints, PLOS ONE, Vol. 8, No. 7, e69365, July 2013.  公式リンク  
  
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama. Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tools: application to bacterial chemotaxis, Protein and Peptide Letters, Bentham Science, Volume 21, Issue 8, pp. 790-798, July 2013.  公式リンク  
  
• Ren A, Ishida T, Akiyama Y. Assessing statistical reliability of phylogenetic trees via a speedy double bootstrap method, Mol Phylogenet Evol., Vol. 67, No. 2, pp. 429-35, May 2013.
• Youhei Namiki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Acceleration of sequence clustering using longest common subsequence filtering, BMC Bioinformatics, Vol. 14, Suppl 8, S7, May 2013.
• Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Ken Kurokawa, Yutaka Akiyama. GHOSTM: A GPU-Accelerated Homology Search Tool for Metagenomics, PLoS ONE, Vol. 7, No. 5, Page e36060, May 2012.
• W.A. Kusuma, T. Ishida, Y. Akiyama. A combined approach for de novo DNA assembly of very short reads, IPSJ Transaction on Bioinformatics, vol. 4, no. 10, pp. 21-33, Nov. 2011.
• Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E. Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C. Mitchell, Omar N. A. Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H. Moal, Xiaofan Li, Paul A. Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jerome Aze, Seren Soner, Sefik Kerem Oval., Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Turkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G. Pierce, Zhiping Weng, Laura Perez-Cano, Carles Pons, Juan Fernandez-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H. Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M. Driggers, Robert G. Hall, Jessica L. Morgan, Victor L. Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J. Camacho, Krishna P. Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J. Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodriguez, Daisuke Kihara, P. Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J. Wodak, Joel Janin, David Baker. Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology, Journal of Molecular Biology, ScienceDirect, Volume 414, Issue 2, pp. 289-302, Nov. 2011.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama. Docking-calculation-based Method for Predicting Protein-RNA Interactions, Genome Informatics, Volume 25, Issue 1, pp. 25-39, Aug. 2011.  公式リンク  
  
• Kusama M, Toshimoto K, Maeda K, Hirai Y, Imai S, Chiba K, Akiyama Y, Sugiyama Y. In silico classification of major clearance pathways of drugs with their physiochemical parameters., Drug Metabolism and Disposition, vol. 38, no. 8, pp. 1362-1370, Apr. 2010.
• Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid docking and clustering: an application to pathway analysis, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol. 7, No. 6, 991-1012, Dec. 2009.  公式リンク  
  
• Tsukamoto K, Yoshikawa T, Hourai Y, Fukui K, Akiyama Y.. Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins, Journal of bioinformatics and computational biology, Vol. 6, No. 6, pp. 1133-1156, Dec. 2008.
• Daisuke Tominaga, Yutaka Akiyama. High-throughput automated image processing system for cell array observations, Information and Media Technologies, 3, 1, 71-78, 2008.
• Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama. Free energy landscape analysis system based on parallel molecular dynamics simulation., IPSJ Transaction on Bioinformatics, 48, SIG17 (TBIO3), 30-39, Nov. 2007.
• Tsukamoto, K., Shimizu, H., Ishida, T., Akiyama, Y., Nukina, N.. Evaluation for Interaction Energy between Glutamine and various Chemical Compounds for Developing the Virtual Screening System using DFT Quantum Chemical Calculations, WSEAS Transactions on Computers, Vol. 6, No. 4, pp. 636-641, Apr. 2007.
• Nagano, N., Noguchi, T., Akiyama, Y.. Systematic Comparison of Catalytic Mechanisms of Hydrolysis and Transfer Reactions Classified in the EzCatDB Database, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, Vol. 66, No. 1, pp. 147-159, Jan. 2007.
• Yuri Mukai, Takatsugu Hirokawa, Kentaro Tomii, Kiyoshi Asai, Yutaka Akiyama, Makiko Suwa. Identification of glycosyltransferases focusing on golgi transmembrane region., Trends in Glycoscience and Glycotechnology, 19, 105, 41-47, 2007.
• Koki Tsukamoto, Hideaki Shimizu, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Nobuyuki Nukina. Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations, WSEAS Transactions on Computers, 6, 4, 636-641, 2007.
• Tsukamoto, K., Shimizu, H., Ishida, T., Akiyama, Y., Nukina, N.. Aggrigation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations, Journal of Molecular Structure: THEOCHEM, Vol. 778, No. 1-3, pp. 85-95, Dec. 2006.
• Tsukamoto, K., Akiyama, Y.. Automated Docking of NADH to the Active Site of Nitric Oxide Reductase from Fusarium Oxysporum and Semi-empirical Calculations of the Electron Transfer Mechanism and the Hydrogen-bonding Network, WSEAS Transactions on Computers, Vol. 5, No. 8, pp. 1701-1706, Aug. 2006.
• Fukui, K., Akiyama, Y., Takahashi, K.. Fragmentation Studies of Peptide and Oligosaccharide using a Mid-IR Free Electron Laser, Journal of Japan Society for Laser Surgery and Medicine, Vol. 27, No. 2, pp. 92-96, June 2006.
• Fukui, K., Kameyama, A., Mukai, Y., Takahashi, K., Ikeda, N., Akiyama, Y., Narimatsu H.. A computational study of structure-reactivity relationships in Na-adduct oligosaccharides in collision-induced dissociation reactions, Carbohydrate Research, Vol. 341, No. 5, pp. 624-633, Apr. 2006.
• Tsukamoto, K., Toshio Watanabe, Nagashima, U., Akiyama, Y.. Hartree-Fock and density functional theory calculations for the reaction mechanism of nitric oxide reductase cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum, Journal of Molecular Structure-Theochem, Vol. 732, No. 1-3, pp. 87-98, Nov. 2005.  公式リンク  
  
• Sekijima, M., Motono, C., Noguchi, T., Kaneko, K., Akiyama, Y.. Structural Changes in flexible region of the Prion Protein induced by P102L Substitution: Investigation through Molecular Dynamics Simulations, Protein Science, Vol. 13, No. Supplement 1, pp. 170-170, Dec. 2004.
• Shiozawa, K. Maita, N., Tomii, K, Seto, A., Goda, N., Akiyama, Y., Shimizu, T., Shirakawa, M., Hiroaki, H.. Structure of the N-terminal domain of PEX1 AAA-ATPase: characterization of a putative adaptor-binding domain, Journal of Biological Chemistry, Vol.279, Issue 48, pp.50060-50068, 2004., Vol. 279, No. 48, pp. 50060-50068, Nov. 2004.
• Hourai, Y., Akutsu T., Akiyama Y.. Optimizing Substitution Matrices by Separating Score Distributions, Bioinformatics, Vol. 20, No. 6, pp. 863-873, June 2004.
• Fukui, K., Naito, Y., Akiyama, Y., Takahashi, K.. Fragmentation study of peptides using Fourier transform ion cyclotron resonance with infrared multiphoton dissociation: experiment and simulation, European Journal of Mass Spectrometry, Vol. 10, No. 5, pp. 639-647, May 2004.
• Tomii, K., Akiyama Y.. FORTE: a profile-profile comparison tool for protein fold recognition, Bioinformatics, Vol. 20, No. 4, pp. 594-595, Apr. 2004.
• Fukui, K., Naito, Y., Akiyama, Y., Takahashi K.. Charge State Selective Fragmentation Analysis for Protonated Peptides in Infrared Multiphoton Dissociation and Collision Induced Dissociation, International Journal of Mass Spectrometry, Vol. 235, No. 1, pp. 25-32, Jan. 2004.
• Tominaga, D., Takahashi, K., Akiyama, Y.. Distributed Genetic Algorithm for Inference of Biological Scale-Free Network Structure, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 2858, pp. 214-221, Oct. 2003.
• Sekijima, M., Motono, C., Yamasaki, S., Kaneko, K., Akiyama, Y.. Molecular Dynamics Simulation of Prion Protein by Large Scale Cluster Computing, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 2858, pp. 476-485, Oct. 2003.
• Kikuchi, S., Tominaga, D., Arita, M., Takahashi, K., Akiyama, Y.. Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system, Bioinformatics, Vol. 19, No. 5, pp. 643-650, May 2003.
• Sekijima, M., Motono, C., Yamasaki, S., Kaneko, K., Akiyama, Y.. Molecular dynamics simulation of dimeric and monomeric forms of human prion protein (HuPrP): Insight into dynamics and properties, Vol. 85, No. 2, pp. 1176-1185, Feb. 2003.
• Noguchi, T., Akiyama, Y.. PDB-REPRDB: a database of representative protein chains from the Protein Data Bank (PDB) in 2003, Nucleic Acids Research, Vol. 31, No. 1, pp. 492-493, Jan. 2003.
• Suwa, M., Sato, T., Okouchi, I., Arita, M., Matsumoto, S., Tsutsumi, S., Aburatani, H., Asai, K., Akiyama, Y.. SEVENS: The Comprehensive Collection of Seven Transmembrane Helix Receptors, hunted from Human genome, Nucleic Acid Research, Vol. 31, No. 1, pp. Collection Entry #373, Jan. 2003.
• Kadota, K., Tominaga, D., Akiyama, Y., Takahashi, K.. A critical assessment of the effect of outliers on sample classifications, Chem-Bio Informatics Journal, Vol. 3, No. 1, pp. 30-45, Jan. 2003.
• Onizuka, K., Noguchi, T., Akiyama, Y., Matsuda, H.. Using　Data　Compression for Multidimensional Distribution Analysis, IEEE Intelligent Systems, Vol. 17, No. 3, pp. 48-54, Mar. 2002.
• Nakano, T., Kaminuma, T., Sato, T., Fukuzawa, K., Akiyama, Y., Uebayashi, M., Kitaura, K.. Fragment Molecular Orbital Method: use of approximate electrostatic potential, Chemical Physics Letters, Vol. 351, No. 5-6, pp. 475-480, Jan. 2002.
• 安藤 誠, 秋山 泰, 松田秀雄. 階層的な大規模並列木探索によるタンパク質立体配座解析システムESCAPE/Hi, 情報処理学会論文誌, Vol. 42, No. SIG09, pp. 36-44, Aug. 2001.
• Noguchi, T., Ito, M., Matsuda, H., Akiyama, Y., Nishikawa, K.. Prediction of Protein Secondary Structure Using the Threading Algorithm and Local Sequence Similarity, Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, Vol. 5, No. 1-2, pp. 115-131, Feb. 2001.
• Ando, M., Akiyama, Y., Matsuda, H.. Peptide Conformation　Prediction by High-Speed Parallel Tree Search on a Massively Parallel Computer, Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, Vol. 5, No. 1-2, pp. 95-114, Feb. 2001.
• Noguchi, T., Matsuda, H., Akiyama, Y.. PDB-REPRDB: a database of representative protein chains from the Protein Data Bank(PDB), Nucleic Acids Research, Vol. 29, No. 1, pp. 219-220, Jan. 2001.
• 佐藤智之, 秋山 泰, 中野達也, 上林正巳, 北浦和夫. Ab initioペア近似法による並列分子軌道計算プログラムABINIT-MPの作成と性能評価, 情報処理学会論文誌, Vol. 41, No. SIG05, pp. 104-112, Aug. 2000.
• Noguchi, T., Onizuka, K., Ando, M., Matsuda, H., Akiyama, Y.. Quick Selection of Representative Protein Chain Sets Based on Customizable Requirements, Bioinformatics, Vol. 16, No. 6, pp. 520-526, June 2000.
• 三十尾潔高, 志澤由久, 秋山 泰, 斎藤 稔. 並列化Barnes-Hut tree codeを用いた高精度なタンパク質分子動力学法プログラムの開発, 情報処理学会論文誌, Vol. 41, No. 5, pp. 1538-1548, May 2000.
• Nakano, T., Kaminuma, T., Sato, T., Akiyama, Y., Uebayashi, M., Kitaura, K.. Fragment　molecular orbital method: application to polypeptides, Chemical Physics Letters, Vol. 318, No. 6, pp. 614-618, Mar. 2000.
• 秋山 泰. エントロピー項の導入によるバックプロパゲーション学習則の拡張と学習効率の向上, 情報処理学会論文誌, Vol. 40, No. SIG09, pp. 81-90, Dec. 1999.
• 十時 泰, 秋山 泰, 鬼塚健太郎, 野口 保, 斎藤 稔, 安藤 誠. アミノ酸配列のマルチプルアラインメントにおける反復改善過程の並列化とA*アルゴリズムの適用, 情報処理学会論文誌, Vol. 40, No. SIG09, pp. 138-149, Dec. 1999.
• 斎藤 稔, 三十尾潔高, 志澤由久, 丸川一志, 秋山 泰, 野口 保, 鬼塚健太郎. 分子動学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化による高速化, 情報処理学会論文誌, Vol. 40, No. 5, pp. 2142-2151, May 1999.
• Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T., Ando, M.. Biological- and Chemical- Parallel 　Applications on a PC Cluster, Lecture Notes on Computer Science, Vol. 1615, pp. 220-233, May 1999.
• 野口 保, 秋山 泰, 鬼塚健太郎, 安藤 誠. タンパク質立体構造の配列および原子間距離による分類と非冗長化されたPDB代表タンパク質チェインデータベース(PDB-REPRDB)の作成, 情報処理学会論文誌, Vol. 40, No. SIG02, pp. 117-128, Feb. 1999.
• 安藤 誠, 秋山 泰, 鬼塚健太郎, 野口 保. 木探索アプローチによるタンパク質立体配座解析と大規模並列計算機上での高速解析システムの構築, 情報処理学会論文誌, Vol.40, No.SIG02, pp.91-104, 1999, Vol. 40, No. SIG02, pp. 91-104, Feb. 1999.
• 鬼塚健太郎, 野口 保, 安藤 誠, 秋山 泰. 多次元分布の線形変換による圧縮表現のタンパク質立体構造認識問題への応用, 情報処理学会論文誌, Vol. 40, No. SIG02, pp. 105-116, Feb. 1999.
• Onizuka, K., Noguchi, T., Akiyama, Y.. Parallel PDB Data Retriever 'PDB Diving Booster', Lecture Notes on Computer Science, Vol. 1336, pp. 389-396, Nov. 1997.
• Ogata, H., Akiyama, Y., Kanehisa, M.. A genetic algorithm based molecular modeling technique for RNA stem-loop structures, Nucleic Acids Research, Vol. 23, No. 3, pp. 694-701, Mar. 1995.
• 新田 徹, 赤穂昭太郎, 秋山 泰, 古谷立美. 複素バックプロパゲーション・ネットワークにおける重みパラメータと決定表面の構造, 情報処理学会論文誌, Vol. 33, No. 11, pp. 1306-1313, Nov. 1992.
• 古谷立美, 秋山 泰, 田中敏夫, 新田 徹. フィードバック付き多層ニューラルネットワーク, 情報処理学会論文誌, Vol. 32, No. 9, pp. 1210-1213, Sept. 1991.
• Akiyama, Y., Yamashita, A., Kajiura, M., Anzai, Y., Aiso, H.. The Gaussian Machine: A Stochastic Neural Network for Solving Assignment Problems, Journal of Neural Network Computing, Vol. 2, No. 3, pp. 43-51, Mar. 1991.

著書

• 木曽良明, 秋山 泰, 大上 雅史, 吉川 寧, 和久井 直樹. 中分子創薬に適した特性を有する環状ペプチドのインシリコ設計（第8章）, 木曽良明監修「ペプチド創薬の最前線」, シーエムシー出版, pp. 70-78, May 2019.  公式リンク  
• 秋山泰. バイオインフォマティクス入門, 慶應義塾大学出版会, Aug. 2015.
• 秋山泰. 細胞丸ごとRNA解析に向けたバイオインフォマティクス技術, 一細胞定量解析の最前線～ライフサーベイヤ構築に向けて, ＣＭＣ出版, Dec. 2006.
• 秋山 泰. ポストゲノム－ライフサイエンス最前線, 丸善, Sept. 2002.
• 秋山 泰. 並列タンパク質情報解析(PAPIA)システム, はじめての並列プログラミング, 共立出版, July 1999.
• 秋山 泰. WWWによる統合データベース環境, ゲノムネットのデータベース利用法, 共立出版, May 1996.
• 秋山 泰. トリッキープログラムの謎を解け－RNA２次構造予測への組合せ最適化的アプローチ, 遺伝子情報処理への挑戦, 共立出版, Apr. 1994.
• 秋山 泰. ボルツマンマシンとその応用, 生物化学素子とバイオコンピュータII　バイオコンピューティング研究戦略, サイエンスフォーラム, Dec. 1990.
• 秋山 泰. ニューロチップの開発, ニューロコンピューティングへの挑戦, 三田出版会, Oct. 1989.
• 秋山 泰. ニューロチップ, 人工ニューラルシステム, 共立出版, Sept. 1989.

国際会議発表 (査読有り)

• Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization, 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Proceedings of the 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Association for Computing Machinery, Page 1082-1091, Aug. 2024.  公式リンク  
  
• Kazuki Takabatake, Kazuki Izawa, Motohiro Akikawa, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improved Homology Search for Metagenomic Analysis by Two-Step Seed Search with Reduced Amino Acid Alphabets, The 10th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Science (ICBBS2021), Oct. 2021.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Kento Aoyama, Yutaka Akiyama. High-performance cloud computing for exhaustive protein-protein docking, The 26th International Conference on Parallel & Distributed Processing (PDPTA’20), Advances in Parallel & Distributed Processing, and Applications, Springer,cham, pp. 737-746, Oct. 2021.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Hiroki Watanabe, Yutaka Akiyama. MEGADOCK-Web-Mito: human mitochondrial protein-protein interaction prediction database, 27th International Conference on Parallel & Distributed Processing (PDPTA’21), Advances in Parallel & Distributed Processing, and Applications(Accepted), Springer, July 2021.  公式リンク  
  
• Isawa Kazuya, Yanagisawa Keisuke, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka. Antisense oligonucleotide activity analysis based on opening and binding energies to targets, Proceedings of The 27th International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA’21), Advances in Parallel & Distributed Processing and Applications, July 2021.
• Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. MEGADOCK-GUI: a GUI-based complete cross-docking tool for exploring protein-protein interactions, 27th International Conference on Parallel & Distributed Processing (PDPTA’21), Advances in Parallel & Distributed Processing, and Applications(Accepted), Springer, July 2021.  公式リンク  
  
• Kento Aoyama, Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multiple HPC environments-aware container image configuration workflow for large-scale all-to-all protein-protein docking calculations, The 6th Asian Conference on Supercomputing Frontiers (SCFA2020), Lecture Notes in Computer Science, Springer, Vol. 12082, pp. 23-39, June 2020.  公式リンク  
  
• Keren Jiang, Di Zhang, Tsubasa Iino, Risa Kimura, Tatsuo Nakajima, Kana Shimizu, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama.. A playful tool for predicting protein-protein docking, Mobile and Ubiquitous Multimedia (MUM 2019), In Proceedings of the 18th International Conference on Mobile and Ubiquitous Multimedia (MUM 2019), ACM, No. 40, Page 1-5, Nov. 2019.
• Masahito Ohue, Marina Yamasawa, Kazuki Izawa, Yutaka Akiyama. Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU and MEGAN, In Proceedings of the 19th annual IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (IEEE BIBE 2019), IEEE, 152-156, Aug. 2019.  公式リンク  
  
• Aoyama K, Yamamoto Y, Ohue M, Akiyama Y.. Performance evaluation of MEGADOCK protein–protein interaction prediction system implemented with distributed containers on a cloud computing environment, Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications （PDPTA'19）, In Proceedings of the 2019 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA'19), pp. 175-181, July 2019.
• Ohue M, Ii R, Yanagisawa K, Akiyama Y.. Molecular activity prediction using graph convolutional deep neural network considering distance on a molecular graph, Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications （PDPTA'19）, In Proceedings of the 2019 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA'19), Page 122-128, July 2019.  公式リンク  
  
• Takashi Tajimi, Naoki Wakui, Keisuke Yanagisawa, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Computational prediction of plasma protein binding of cyclic peptides from small molecule experimental data using sparse modeling techniques, the 29th International Conference on Genome Informatics (GIW 2018), BMC Bioinformatics, Springer Nature, Volume 19, Dec. 2018.  公式リンク  
  
• Ban T, Ohue M, Akiyama Y. Efficient Hyperparameter Optimization by Using Bayesian Optimization for Drug-Target Interaction Prediction, In Proceedings of the 7th IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS 2017), IEEE, Oct. 2017.
• Ohue M, Yamazaki T, Ban T, Akiyama Y. Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a Chemogenomics Approach, Intelligent Computing Theories and Application (In Proceedings of ICIC2017, Lecture Notes in Computer Science), Lecture Notes in Computer Science, Springer, Cham, Vol. 10362, pp. 549-558, Aug. 2017.  公式リンク  
  
• Shogo Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data, 22nd International Symposium on Artifical Life and Robotics, 114-119, Jan. 2017.
• Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition, The 27th International Conference on Genome Informatics (GIW 2016), Oct. 2016.
• Kakuta, M., Suzuki, S., Ishida, T., Akiyama, Y.. GHOST-MP: A Massively Parallel Biological Sequence Similarity Search for Metagenomics using OpenMP and MPI, Annual Meeting on Advanced Computing System and Infrastructure (ACSI) 2015, Jan. 2015.
• Yuki Komatsu, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Metagenomic Phylogenetic Classification Using Improved Naïve Bayes, the Tenth International Conference on Intelligent Computing (ICIC 2014), Aug. 2014.
• Ban, T., Ishida, T., Akiyama, Y.. Improvement of a conformational search on protein-ligand docking based on optimal arrangement of multiple small search grids, The 2014 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'14), July 2014.
• Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. MEGADOCK-GPU: Acceleration of Protein-Protein Docking Calculation on GPUs, ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2013 (ACM-BCB 2013), 2nd International Workshop on Parallel and Cloud-based Bioinformatics and Biomedicine (ParBio2013), Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2013 (ACM-BCB 2013), Association for Computing Machinery, pp. 883-889, Sept. 2013.  公式リンク  
  
• Yasufumi Obata, Takashi Ishida, Tohru Natsume, Yutaka Akiyama. Acceleration of Tandem Mass Spectrometry Analysis Software CoCoozo using Multi-core CPUs and Graphics Processing Units, The 2013 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'13) Workshop on Mathematical Modeling and Problem Solving, Vol. I, pp. 149-154, July 2013.
• Aizhen Ren, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. SDBP: An Easy-to-use R Program Package for Assessing Reliability of Estimated Phylogenetic Trees Based on the Speedy Double Bootstrap Method, The 2013 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'13) Workshop on Mathematical Modeling and Problem Solving, Vol. I, pp. 143-148, July 2013.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consensus Between Template-Based and de Novo Docking Methods, Great Lakes Bioinformatics Conference 2013, Proceedings of Great Lakes Bioinformatics Conference 2013, pp. 100-109, May 2013.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Improvement of the protein-protein docking prediction by introducing a simple hydrophobic interaction model: an application to interaction pathway analysis., The 7th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB2012), Lecture Notes in Bioinformatics, Springer Heidelberg, Vol. 7632, Page 178-187, Nov. 2012.  公式リンク  
  
• Y. Namiki, T. Ishida, Y. Akiyama. Fast DNA Sequence Clustering Based on Longest Common Subsequence, ICIC2012, Communications in Computer and Information Science, No. 304, pp. 453-460, June 2012.
• Suzuki, S., Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. An ultra-fast computing pipeline for metagenome analysis with next-generation DNA sequencers, Proceedings - 2012 SC Companion: High Performance Computing, Networking Storage and Analysis, SCC 2012, pp. 1549-1551, 2012.
• Wisnu Ananta Kusuma, Yutaka Akiyama. Metagenome Fragment Binning Based on Characterization Vectors, 2011 International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology (ICBBT 2011), Mar. 2011.
• Wisnu Ananta Kusuma, Yutaka Akiyama. Design and simulation of hybrid de novo DNA sequence assembly for large eukaryotic genome, The 2010 International Conferences on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2010), July 2010.
• Akira Nukada, Yutaka Akiyama. High performance 3D convolution for protein docking on IBM Blue Gene, The Fifth International Symposium on Parallel and Distributed Processing and Applications (ISPA07), Proc. of the Fifth International Symposium on Parallel and Distributed Processing and Applications (ISPA07), 958-969, Aug. 2007.
• Daisuke Tominaga, Fukumi Iguchi, Yutaka Akiyama, Katsuhisa Horimoto. Development of automated image processing procedure for cell-arrays, The 11th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics, Proc. of the 11th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics, 4, 19-24, July 2007.
• Sekijima, M., Doi, J., Noguchi, T., Akiyama, Y., Shimizu, S.. Optimization and Evaluation of Parallel Molecular Dynamics Simulation on Blue Gene/L, Proc. the IASTED Int'l Conf. on Parallel and Distributed Computing and Networks (PDCN2007), Feb. 2007.
• Masakazu Sekijima, Jun Doi, Tamotsu Noguchi, Yutaka Akiyama, Shigenori Shimizu. Optimization and evaluation of parallel molecular dynamics simulation on blue gene/l, The IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computer and Networks (PDCN2007), Proc. of the IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computer and Networks (PDCN2007), 257-262, Feb. 2007.
• Akiyama, Y.. Bioinformatics research project using a 1040-cpu PC cluster and expectation for GRID technology, Grid Form Korea (GFK2), June 2002.
• Ando, M., Akiyama Y., Matsuda, H.. ESCAPE 2.0: Parallel Exhaustive Conformational Search System of Peptides with Conformational Libraries as Building Blocks, Proc. the Fourth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (HPC-Asia 2000), pp. 1097-1102, May 2000.
• Misoo, K., Akiyama, Y., Shizawa Y., Saito, M.. Development of Molecular Dynamics Programs for Protein with a Parallelized Barnes-Hut Code, Proc. the Fourth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (HPC-Asia 2000), pp. 1103-1111, May 2000.
• Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T., Ando, M.. Parallel Protein Information Analysis (PAPIA) system running on a 64-node PC Cluster, Proc. of 5th Int'l Conf. on Artificial Life and Robotics, No. 2, pp. 729-732, Jan. 2000.
• Ando, M., Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T.. ESCAPE: Parallel Tree Search System for Conformational Analysis of Peptides, Proc. the 1999 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'99), Vol. 3, pp. 1537-1543, June 1999.
• Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T, Ando, M.. Parallel Protein Information Analysis (PAPIA) system running on a 64-node PC Cluster, Genome Informatics, Vol. 8, pp. 131-140, Dec. 1998.
• Akiyama Y.. Development of Biological and Chemical Applications on a 64-node PC Cluster, Proc. Int'l Workshop on Innovative Architectures (IWIA'98), pp. 27-34, Oct. 1998.
• Ando, M., Tanaka, Y., Kubota, K., Matsuda, M., Akiyama, Y., Sato, M.. Performance Characterization of Shared- and Distributed-Memory Multiprocessors on a Tree Search Problem, Proc. 3rd High Performance Computing Asia (HPC-Asia’98), pp. 620-629, Sept. 1998.
• Fujibuchi, W., Goto, S., Migimatsu, H., Uchiyama, I., Ogiwara, A., Akiyama, Y., Kanehisa, M.. DBGET/LinkDB: an Integrated Database Retrieval System, Proc. of PSB'98, pp. 683-694, Jan. 1998.
• Noguchi, T., Onizuka, K., Akiyama, Y., Saito, M.. PDB-REPRDB: A Database of Representative Protein Chains in PDB (Protein Data Bank), Proc. the fifth Int'l Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB’97), pp.214-217, pp. 214-217, June 1997.
• Akiyama, Y., Goto, S., Uchiyama, I., Kanehisa, M.. WebDBGET: An Integrated Database Retrieval System which provides HyperLinks among Related Entries, Second Meeting on Interconnection of Molecular Biology Databases, July 1995.
• Araki, S., Goshima, M., Mori, S., Nakashima, H., Akiyama, Y., Kanehisa, M.. Application of Parallelized DP and A* Algorithm to Multiple Sequence Alignment, Genome Informatics, Vol. 4, pp. 94-102, Dec. 1993.
• Akiyama, Y., Mori, H., Kuhara, S., Ogasawara, N., Miyajima, N., Furukawa, T., Sato, K., Murakami, Y.. Genomatica: an Integrated Data Management and Analysis Tool for Genome Sequencing Projects, Genome Informatics, Vol. 4, pp. 394-401, Dec. 1993.
• Kajiura, M., Akiyama, Y., Anzai, Y.. Solving Large-scale Puzzles with Neural Networks, Proc. of IEEE Int'l Workshop on Tools for Artificial Intelligence (TAI’89), pp. 562-569, Oct. 1989.
• Akiyama, Y., Yamashita, A., Kajiura, M., Anzai, Y., Aiso, H.. Gaussian Machines: A Stochastic Neural Network Model for Solving Assignment Problems, Proc. of ACM 5th Aerospace Applications of Artificial Intelligence Conference (AAAIC’89), pp. 43-51, Oct. 1989.
• Akiyama, Y., Yamashita, A., Kajiura, M., Aiso, H.. Combinatorial Optimization with Gaussian Machines, Proc. of 1989 Int'l Joint Conf. on Neural Networks (IJCNN’89), pp. 533-539, June 1989.
• Akiyama, Y., Takefuji, Y., Aiso, H.. Conductance Programmable ‘Neural' Chips Employing Switched Resistors, Proc. of 1988 Joint Technical Conference on Circuits /Systems, Computers and Communications (JTC-CSCC’88), pp. 276-281, Nov. 1988.

国内会議発表 (査読有り)

• Zhang Chaojie, Koichi Shirahata, Shuji Suzuki, Yutaka Akiyama, Satoshi Matsuoka. Performance Analysis of MapReduce Implementations for High Performance Homology Search, HPCS2015, 2015.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama. Development of a Protein-RNA Interaction Prediction Method Based on a Docking Calculation, The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010), Dec. 2010.
• 大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰. MEGADOCK：立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用, 情報処理学会数理モデル化と問題解決研究会, 情報処理学会論文誌数理モデル化と応用（TOM）, 情報処理学会, Vol. 3, No. 3, pp. 91-106, Oct. 2010.  公式リンク  
  
• 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰. GPUによるDNA断片配列の高速マッピング, 先進的計算基盤システムシンポジウムSACSIS2010, 先進的計算基盤システムシンポジウムSACSIS2010論文集, pp. 137-138, May 2010.
• 三十尾潔高, 志澤由久, 秋山 泰, 斎藤 稔. 並列化Barnes-Hut tree codeを用いた高精度なタンパク質分子動力学法プログラムの開発, 並列処理シンポジウムJSPP'99 論文集, pp. 143-150, June 1999.
• 斉藤 稔, 三十尾潔高, 志澤由久, 丸川一志, 秋山 泰, 野口 保, 鬼塚健太郎. 分子動力学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化による高速化, 並列処理シンポジウム JSPP'98論文集, pp. 231-238, Oct. 1998.
• 秋山 泰, 古谷立美. ホップフィールド型ニューラルネットにおける制約の動的な制御の効果, 並列処理シンポジウムJSPP'91 論文集, pp. 469-476, May 1991.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Yudai Noso, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development and Application of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations, 21st IUPAB and 62nd BSJ joint congress 2024, American Chemical Society, June 2024.  公式リンク  
  
• Takuya Fujie, Masatake Sugita, Satoshi Sugiyama, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Conformational Sampling with Molecular Dynamics Simulation for Prediction of Membrane Permeability of Cyclic Peptide, The 5th IITM-Tokyo Tech Joint Symposium-Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design, Mar. 2020.
• Masaya Inagaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Fragment Linking with DQN, The 5th IITM-Tokyo Tech Joint Symposium-Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design, Mar. 2020.
• Kazuki Izawa, K Shibayama, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama. The shifts in bacterial community and gene category composition between healthy sites and periodontal disease sites, The 5th IITM-Tokyo Tech Joint Symposium-Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design, Mar. 2020.
• Yuki Tsushima, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development of fragment linking method for beyond rule of five, The 5th IITM-Tokyo Tech Joint Symposium-Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design, Mar. 2020.
• Masahito Ohue, Shogo D. Suzuki, Yutaka Akiyama. PKRank & SPDRank - Learning-to-rank methods for machine-learning-based drug discovery, Biophysical Society 64th Annual Meeting, Feb. 2020.  公式リンク  
  
• Max Druyvesteyn, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improved protein-protein docking using arbitrary docking-derived protein interface predictions, 2nd RWBC-OIL Workshop, Jan. 2020.  公式リンク  
  
• Shunpei Matsuno, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multidomain protein structure prediction using information about residues interacting on multimeric protein interfaces, 2nd RWBC-OIL Workshop, Jan. 2020.  公式リンク  
  
• Satoshi Sugiyama, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development of Membrane Permeability Prediction System for Cyclic Peptide: Large-Scale Molecular Dynamics Simulations, 2nd RWBC-OIL Workshop, Jan. 2020.  公式リンク  
  
• Li Jianan, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Prediction of plasma protein binding for cyclic peptides by deep learning and molecular docking, 2nd RWBC-OIL Workshop, Jan. 2020.  公式リンク  
  
• Kento Aoyama, Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration Workflow for Large-Scale All-to-All Protein-Protein Docking Calculations, 2nd RWBC-OIL Workshop, Jan. 2020.  公式リンク  
  
• Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Exhaustive protein-protein interaction prediction using MEGADOCK on a large-scale HPC environment, 2nd RWBC-OIL Workshop, Jan. 2020.  公式リンク  
  
• Kento Aoyama, Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration for Bioinformatics Application, International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis (SC'19), Nov. 2019.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Takanori Hayashi, Yuri Matsuzaki, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama. Megadock-Web: An Integrated Database of High-Throughput Structure-Based Protein-Protein Interaction Predictions, Biophysical Society 63rd Annual Meeting, Mar. 2019.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Takanori Hayashi, Hiroki Watanabe, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama. Supercomputing-based exhaustive protein-protein interaction prediction and its open database., The 56th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Sept. 2018.
• Masahito Ohue, Yuki Yamamoto, Kento Aoyama, Yutaka Akiyama. MEGADOCK-Azure: high-performance protein-protein docking on Microsoft Azure HPC, 4th IIT Madras-Tokyo Tech Joint Symposium on Frontiers in Bioinformatics: Large Scale Data Analysis, Resources and Drug Design, Nov. 2017.
• Masahito Ohue, Yamamoto, Yuki, Hayashi, Takanori, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama. Cloud Computing for All-To-All Protein-Protein Docking on Azure HPC, 58th Annual Meeting of the Biophysical-Society, BIOPHYSICAL JOURNAL, CELL PRESS, Vol. 112, No. 3, pp. 451A-451A, Feb. 2017.
• Yuri Matsuzaki, Simm, Jaak, Uchikoga, Nobuyuki, Yutaka Akiyama. A Docking Based Approach to Analyze Interaction Surfaces of Virus-Host Protein-Protein Interactions, 58th Annual Meeting of the Biophysical-Society, BIOPHYSICAL JOURNAL, CELL PRESS, Vol. 112, No. 3, pp. 451A-452A, Feb. 2017.
• Uchikoga, Nobuyuki, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Interaction Surfaces of Proteins Involved in Bacterial Chemotaxis with Rigid-Body Docking Decoys, 58th Annual Meeting of the Biophysical-Society, BIOPHYSICAL JOURNAL, CELL PRESS, Vol. 112, No. 3, pp. 290A-290A, Feb. 2017.
• Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Analysis of Physico-Chemical Properties of Protein Docking Decoys Generated by Rigid-Body Docking, Biophysical Society 60th Annual Meeting, Feb. 2016.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers, Biophysical Society 60th Annual Meeting, Feb. 2016.
• Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. A rescoring method of protein-peptide docking prediction with amino acid profiles of rigid-body search results, The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016), Jan. 2016.
• Yutaka Akiyama. GHOST-MP: an ultra-fast and high-sensitive homology search tool for metagenome analysis, ADAC Workshop, Jan. 2016.
• Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. A comparative study of GPU and MIC accelerations in fast Fourier transform-based protein-protein docking, 3nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, Nov. 2015.
• Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improving protein-ligand docking and inverse docking prediction by deepening conformation search on multiple grids, 3nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, Nov. 2015.
• Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Fast pre-filtering for virtual screening based on compound fragmentation, 3nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, Nov. 2015.
• Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama. Analysis of protein docking decoys in terms of physicochemical properties of protein surfaces using rigid-body docking process, 3nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, Nov. 2015.  公式リンク  
  
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale supercomputing environments, 3nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, Nov. 2015.
• Uchikoga, Nobuyuki, Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama. Post-docking analysis by physicochemical properties of protein-protein interactions generated from rigid-body docking processes, 29th Annual Symposium of the Protein-Society, PROTEIN SCIENCE, WILEY-BLACKWELL, Vol. 24, pp. 253-253, Oct. 2015.
• Yutaka Akiyama, Takashi Ishida. iNTRODB and its Applicationin anti-Trypanosome Drug Discovery, ISNTD d3 2015, May 2015.
• Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. GHOSTZ-GPU: Fast Protein Sequence Homology Search on GPUs, GPU Technology Conference 2015 (GTC2015), No. P5273, Mar. 2015.
• Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama. Analysis of amino acid properties in interaction surfaces of decoys generated by re-docking, Biophysical Society 59th Annual Meeting, Feb. 2015.
• Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Prediction of human-virus protein-protein interactions by exhaustive rigid docking., Biophysical Society 59th Annual Meeting, Feb. 2015.
• Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK 4.0: an ultra–high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers, APBC 2015: The Thirteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference, Jan. 2015.
• Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK 4.0: an ultra–high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers, GIW/ISCB-Asia 2014, Dec. 2014.
• Takashi Ishida, Kozue Hasumi, Yutaka Akiyama. iNTRODB: database for NTDs drug target protein selection, The Asia hub for e-drug discovery symposium 2014 (AHeDD' 2014), Nov. 2014.
• Yutaka Akiyama. Development of an Ultra-Fast Computing Pipeline for Metagenome Analysis on Supercomputers, “Meeting Modern Life Science Challenges Through Computational Bioscience” CBRC Inauguration Symposium, June 2014.
• Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Accelerating identification of frequent k-mers in DNA sequences with GPU, GPU Technology Conference 2014 (GTC2014), No. P4190, Mar. 2014.
• Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Prediction of protein-protein interactions based on tertiary structures and transcription information, Biophysical Society 58th Annual Meeting, Feb. 2014.
• Yutaka Akiyama. Development of an Ultra-Fast Computing Pipeline for Metagenome Analysis on Supercomputers, KAUST bioinformatics seminar, Feb. 2014.
• Yutaka Akiyama. Development of an Ultra-Fast Computing Pipeline for Metagenome Analysis on TSUBAME2.5 and K-computer, The Japanese Extreme Big Data Projects Workshop, Feb. 2014.
• Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama. Re-docking scheme to explore docking search space by using interaction profiles, Biophysical Society 58th Annual Meeting, Feb. 2014.
• Yutaka Akiyama. Development of GPU-accelerated Bioinformatics Application Tools for supporting Drug Discovery: A Case Study in “Drugs for NTDs” Project, CMTPI-2013, 7-th International Symposium  on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources, Oct. 2013.
• Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. MEGADOCK-GPU: Acceleration of Protein-Protein Docking Calculation on GPUs, 2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics, P13, Sept. 2013.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Improvement of protein-protein interaction prediction by integrating template-based and template-free protein docking, ACM Conference on Bioinformatics, Computatioal Biology and Biomedical Informatics (ACM-BCB2013), p. 667, Sept. 2013.
• Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama. Re-docking scheme of protein-protein interactions for generating near-native interaction patterns in difficult docking cases, 2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics, Sept. 2013.
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Structure based protein-protein interaction network prediction of EGFR signaling related proteins using MEGADOCK, 2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics, Sept. 2013.
• Takehiro Shimoda, Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takayuki Fujiwara, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. The MEGADOCK project: Ultra-high-performance protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments, ACM Conference on Bioinformatics, Computatioal Biology and Biomedical Informatics (ACM-BCB2013), p. 668, Sept. 2013.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Highly precise protein-protein interaction prediction by integrating template-based and template-free protein docking, 2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics, P08, Sept. 2013.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Kohei Yamamoto, Takayuki Fujiwara, Takehiro Shimoda, Toshiyuki Sato, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Protein-protein interaction prediction based on rigid-body docking with ultra-high-performance computing technique: applications to affinity prediction on CAPRI round 21 and interactome analyses, CAPRI 2013 5th Evaluation Meeting, Apr. 2013.
• Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. An Ultra-fast Computing Pipeline for Metagenome Analysis with GPUs, GPU Technology Conference 2013 (GTC2013), No. P0192, Mar. 2013.
• Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tool MEGADOCK, Biophysical Society 57th Annual Meeting, Feb. 2013.
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Application of exhaustive protein-protein interaction prediction system by using protein docking to signal transduction pathways., International Society for Computational Biology, ISCB-Asia 2012, Dec. 2012.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: A rapid screening system of protein-protein interactions with all-to-all physical docking., International Society for Computational Biology, ISCB-Asia 2012, Dec. 2012.
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Application of exhaustive protein-protein interaction prediction system by using protein docking to signal transduction pathways., 20th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012), July 2012.
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Application of exhaustive protein-protein interaction prediction system by using protein docking to signal transduction pathways., 3DSIG: The 8th structural bioinformatics and computational biophysics meeting, July 2012.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: A rapid screening system of protein-protein interactions with all-to-all physical docking., 3DSIG: The 8th structural bioinformatics and computational biophysics meeting, July 2012.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: A rapid screening system of protein-protein interactions with all-to-all physical docking., 20th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012), July 2012.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Protein Complex Structure Prediction with Normal Mode Ensemble and Physical Docking, Bioinformatics week in Odaiba 2011 (BiWO2011), Bioinformatics week in Odaiba 2011 (BiWO2011), P-01, Jan. 2012.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Bound state structure estimation of protein-protein complex using rigid-body protein-protein docking method, The 10th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2012), The 10th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2012), P-50, Jan. 2012.
• N. Uchikoga, T. Hirokawa, Y. Akiyama. Post-docking process by using representative interaction fingerprints, Bioinformatics week in Odaiba 2011 (BiWO2011), Jan. 2012.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Binding Conformation Prediction of a Protein Complex Using Physical Docking, GCOE Compview Final Symposium (Preliminary event of ISAAC 2011), Dec. 2011.
• Yutaka Akiyama. An Ultra-fast Computing Pipeline for Metagenome Analysis on Tsubame 2.0, GTC Asia 2011, Dec. 2011.
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: a Fast Protein-protein Interaction Prediction System by Exhaustive Docking, 12th International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Sept. 2011.
• Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Improvement of a fast homology search tool on GPUs with suffix array, The 9th International Workshop on Advanced Genomics, July 2011.
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: A fast protein-protein interaction prediction system by exhaustive docking, The 9th International Workshop on Advanced Genomics, July 2011.
• Wisnu Ananta Kusuma, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. De novo sequence assembly and metagenomic fragments binning, The 9th International Workshop on Advanced Genomics, July 2011.
• Yutaka Akiyama. Supercomputing experiences in bioinformatics, IIT Madras – Tokyo Tech joint Workshop on Bioinformatics and Large-scale data analysis, July 2011.
• Wakayama, Naomi, Toshimoto, Kouta, Hotta, Shun, Maeda, Kazuya, Kusama, Makiko, Imai, Satoki, Yutaka Akiyama, Sugiyama, Yuichi. Evaluation of a novel in silico prediction method of drug clearance pathways from simple physicochemical parameters, 4th Asia Pacific Meeting of the International-Society-for-the-Study-of -Xenobiotics (ISSX), DRUG METABOLISM REVIEWS, INFORMA HEALTHCARE, Vol. 43, pp. 38-39, May 2011.
• Yutaka Akiyama. Exhaustive Protein-Protein Interaction Network Prediction by MEGADOCK, IBC Inauguration Meeting in APBC2011, Jan. 2011.
• Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama. Post-Doking Analysis with Interaction FingerPrint, Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010, Dec. 2010.
• Yutaka Akiyama. Exhaustive Protein-Protein Interaction Network Prediction by MEGADOCK, AHeDD 2010 meeting, Dec. 2010.
• Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. GPU-Acceleration of Protein Tertiary Structure Prediction based on a Fragment Assembly Simulation, CASP9 meeting, Dec. 2010.
• Matsuzaki Yuri., Uchikoga Nobuyuki., Ohue Masahito., Ishida Takashi., Akiyama Yutaka. Exhaustive protein-protein interaction prediction with MEGADOCK and its application to signaling pathway estimation, Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010, Dec. 2010.
• Matsuzaki Yuri., Ohue Masahito., Matsuzaki Yusuke., Sato Toshuyuki, Akiyama Yutaka. A computational screening system of protein-protein interactions: connecting protein structural information to biological pathway estimation, 11th International Conference on Systems Biology (ICSB), Oct. 2010.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. n silico prediction of PPI network with structure-based all-to-all docking, InCoB2010 - the 9th International Conference on Bioinformatics, Sept. 2010.
• Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system -- Improving the accuracy using boosting and binding energy reranking., The 2nd Biosupercomputing Symposium, Mar. 2010.
• Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. A computational screening system of protein-protein interactions: connecting structural information to pathway estimation., The 2nd Biosupercomputing Symposium, Mar. 2010.
• Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. GPU-Acceleration of de novo Protein Tertiary Structure Prediction, The 2nd Biosupercomputing Symposium, Mar. 2010.
• 池田 和史, 前田 和哉, 尾瀬 淳, 杉山 雄一, 秋山泰. 計算機によるサポートベクターマシンと特徴選択を用いた薬物トランスポーター基質予測, 日本薬物動態学会年会講演要旨集, 日本薬物動態学会, Vol. 25, pp. 327-327, 2010.
• 若山 直美, 年本 広太, 堀田 駿, 前田 和哉, 草間 真紀子, 今井 覚, 秋山泰, 杉山 雄一. 薬物排泄経路予測法の評価, 日本薬物動態学会年会講演要旨集, 日本薬物動態学会, Vol. 25, pp. 118-118, 2010.
• Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama. Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK, The 20th International Conference on Genome Informatics Workshop(GIW2009), The 20th International Conference on Genome Informatics Workshop Poster Proceedings, P033, Dec. 2009.
• Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama. Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK, BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P10-101, Nov. 2009.
• Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama. Protein structure sampling based on molecular dynamics and improvement of docking prediction, BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P10-99, Nov. 2009.
• Wisnu Ananta Kusuma, Yutaka Akiyama. Preliminary Study on de novo Sequence Assembly for Very Short Reads, BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P3-23, Nov. 2009.
• Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data: an application to signaling pathway analysis., BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P11-114, Nov. 2009.
• Kouta Toshimoto, Makiko Kusama, Kazuya Maeda, Yuichi Sugiyama, Yutaka Akiyama. In Silico Prediction System of Major Drug Clearance Pathways by Feature Selection and Support Vector Machines, BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P6-63, Nov. 2009.
• Kazushi Ikeda, Kouta Toshimoto, Makiko Kusama, Kazuya Maeda, Yuichi Sugiyama, Yutaka Akiyama. Prediction of Drug Clearance Pathway by Boosting Algorithm, BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P6-69, Nov. 2009.
• Yusei Owatari, Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama. Binding analysis of neuraminidase inhibitors by fragment MO calculation, BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P7-74, Nov. 2009.
• Shuji Suzuki, Yutaka Akiyama. Ultra fast short sequence alignment on GPU, BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P3-22, Nov. 2009.
• Shun Hotta, Kouta Toshimoto, Kazushi Ikeda, Makiko Kusama, Kazuya Maeda, Yuichi Sugiyama, Yutaka Akiyama. A web-based system for clearance pathway prediction, BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P6-53, Nov. 2009.
• Youhei Namiki, Yutaka Akiyama. Correcting read errors on DNA sequences determined by Pyrosequencing, BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, Proc. BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference, P3-24, Nov. 2009.
• Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid docking and clustering: an application to pathway analysis, The 10th International Conference on Systems Biology (ICSB 2009), Sept. 2009.  公式リンク  
  
• Yutaka Akiyama, Toshiyuki Sato, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki. Megadock - a rapid screening system for all-to-all protein docking analysis with precalculated fourier library of protein structures, The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), Dec. 2008.
• Yutaka Akiyama, Takahiro Ide, Fumikazu Konishi. A GPGPU-based ultra fast computer system for mapping short DNA fragments onto human/mouse full genome sequence, The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), Dec. 2008.
• Kouta Toshimoto, Kazuya Maeda, Yuichi Sugiyama, Yutaka Akiyama. Drug clearance pathways prediction system based on machine learning techniques, The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), Dec. 2008.
• Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. Virtual screening of protein-protein interactions: an application to known signal transduction systems, The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), Dec. 2008.
• Yutaka Akiyama. Predicting protein-protein interactions with a peta-flops computer: Techniques and potential applications to systems biology research, International Symposium on Bioinformatics, Nov. 2008.
• Kazuya Maeda, Makiko Kusama, Kouta Toshimoto, Yuka Hirai, Satoki Imai, Koji Chiba, Yutaka Akiyama, Yuichi Sugiyama. Classification of major clearance pathways of drugs based on their physicochemical parameters, International Symposium on Pathway/Network to Disease and Drug Discovery (CBI2008), Oct. 2008.
• Kouta Toshimoto, Makiko Kusama, Kazuya Maeda, Yuichi Sugiyama, Yutaka Akiyama. In silico prediction of major drug clearance pathways by machine learning techniques, AHeDD2008/IPAB2008 Joint Symposium, Oct. 2008.
• Satoshi Matsuoka, Yutaka Akiyama, Akira Nukada, Toshio Endo, Yasuhiko Ogata, Fumikazu Konishi. HPC-GPGPU: Large-scale commodity accelerated clusters and its application to advanced structural proteomics, AHeDD2008/IPAB2008 Joint Symposium, Oct. 2008.
• Yutaka Akiyama, Takahiro Ide, Fumikazu Konishi. A GPGPU-based ultra fast sequence comparison system for mapping short DNA fragments onto human/mouse full genome sequence, AHeDD2008/IPAB2008 Joint Symposium, Oct. 2008.
• Yutaka Akiyama, Takahiro Ide, Fumikazu Konishi. A GPGPU-based ultra fast computer system for mapping short DNA fragments onto human/mouse full genome sequence, The 3rd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis, Sept. 2008.
• Yutaka Akiyama. Large scale computing for bioinformatics, Virtual Laboratory based on GRID Technology, Mar. 2008.
• Satoshi Matsuoka, Yutaka Akiyama. HPC-GPGPU: Large-scale commodity accelerated clusters and its application to advanced structural proteomics, Microsoft Science All-Hands-Meeting, Mar. 2008.
• Yutaka Akiyama. SimPyro: Pyrosequencing simulation software for analyzing random process with millions of reactions, The 2nd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis, Dec. 2007.
• K Tsukamoto, H Shimizu, T Ishida, Y Akiyama, N Nukina. Aggregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations, The 2007 Annual Conf. of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2007), Dec. 2007.
• Masakazu Sekijima, Chie Motono, Yutaka Akiyama, Tamotsu Noguchi. Free energy landscape analysis of prion protein, Prion 2007, Sept. 2007.
• Yutaka Akiyama, Koki Tsukamoto, Yuichiro Hourai, Tatsuya Yoshikawa. PPPDock: a parallelized protein-protein docking software toward a challenge to all-to-all protein docking study, Asia Hub for e-Drug Discovery Symposium 2007 (AHeDD2007), Apr. 2007.
• Yutaka Akiyama. Protein structure prediction and compound docking study on massively parallel computers, The 3rd International Conference of Molecular Simulations and Applied Informatics Technologies (ICMSI2007), Apr. 2007.
• Masakazu Sekijima, Chie Motono, Yutaka Akiyama, Tamotsu Noguchi. Free energy landscape analysis of prion protein, 51th Biophysical Society Annual Meeting, Mar. 2007.
• Tomii, K., Motono, C., Sato, M., Ota, M., Hirokawa, T., Horton, P., Akiyama, Y.. Andante - Tertiary Structure Prediction of CASP7 Targets Using Exhaustive Modeling and Evaluation, Proc. of Critical Assesment of Techniques for Protein Structure Prediction Seventh Meeting (CASP7), pp. 14, Dec. 2006.
• Akiyama, Y., Tsukamoto, K., Yoshikawa, T.. A New Protein-Protein Docking Algorithm and a Challenge for All-to-All Protein Docking Study, Proc. 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov. 2006.
• Yutaka Akiyama. OdaibaDock: Protein-Protein Docking System using a high-performance FFT algorithm on BlueGene/L, Proc. Fifth East Asian Biophysics Symposium & Fourty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan (EABS & BSJ2006), 2P447, Nov. 2006.
• Akiyama, Y.. Computer prediction of protein tertiary structures and protein-protein interactions, Prof. of Third International Conference on Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine, July 2006.
• Akiyama, Y.. Building a Supercomputing Pipeline from Genome Sequence to Protein Structure and Drug Design, Proc. of the Eleventh "Science in Japan" Forum, June 2006.
• Akiyama, Y., Fujibuchi, W.. Sequence identification and expression pattern analysis system for single cell mRNA analysis, Proc. The 1st International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis, June 2006.
• Akiyama, Y.. Life Sciences at AIST: Achievements and Outlook - Building a Supercomputing Pipeline from Genome Sequences to Drug Discovery, Global Grid Form GGF17, May 2006.
• Akiyama, Y.. Toward a Computational Pipeline from Genome Sequence to Protein Structures and Molecular Docking Study, Proc. The First Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Mar. 2006.
• Akiyama, Y.. From Genome Sequence to Protein Structure and Drug Discovery: a computational pipeline with bioinformatics and supercomputing, 25th Anniversary International CBI Conference (CBI2005), Aug. 2005.
• Akiyama, Y.. e-Drug Discovery related projects in Japan and CBRC’s strategies for e-Drug Discovery, Asia Hub for e-Drug Discovery Workshop, Aug. 2005.
• Akiyama, Y.. Building a High-Performance Computing Pipeline from Genome Sequence to Protein Structure and Drug Discovery, International Conference on Advances in Network Sciences (ICANS 2005), June 2005.
• Akiyama, Y.. Large-scale Parallel Computing for Bioinformatics, The third waterfront symposium on human genome science (WASH3), Feb. 2004.
• Akiyama, Y.. Bioinformatics research activity at CBRC - Deep computing with a 1040-CPU PC cluster, Symposium on Bioinformatics 2003, Sept. 2003.
• Akiyama, Y.. Large-scale parallel computing for systematic biological analysis, Seoul Symposium on Systems Biology (SSSB2003), Apr. 2003.
• Akiyama, Y.. Gene Finding and Approaches to Protein Structure Prediction, Symposium on Protein Structure for Drug Target, Sept. 2002.
• Akiyama, Y.. Bioinformatics approaches to Human Genome analysis, VECPAR2002 high performance computing for computational science, June 2002.
• Yutaka Akiyama. Bioinformatics Research at CBRC using a 1040-processors PC Cluster, Innovation in genome-based drug discovery JPMA/ABPI Conference, Sept. 2001.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 杉田 昌岳, 藤江 拓哉, 能祖 雄大, 柳澤 渓甫, 大上 雅史, 秋山 泰. 拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用, 第24回日本蛋白質科学会年会, June 2024.
• 李 佳男, 柳澤 渓甫, 秋山 泰. CycPeptMP：マルチレベルの分子特徴とデータ拡張による環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発, 第147回MPS・第77回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 15, 1-8, Mar. 2024.
• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations, The 61st Annual Meeting of The Biophysical Society of Japan, Nov. 2023.  公式リンク  
  
• 李 佳男, 柳澤 渓甫, 杉田 昌岳, 藤江 拓哉, 大上 雅史, 秋山 泰. CycPeptMPDB：包括的な環状ペプチド膜透過率データベースの開発, 情報処理学会 第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2023-BIO-74, 38, 1-8, June 2023.  公式リンク  公式リンク  
  
• 津嶋佑旗, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 新たなデータセットによる長距離フラグメントリンキング手法の再評価, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2022-BIO-69, 16, 1-8, Mar. 2022.  公式リンク  
  
• 稲垣雅也, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. フラグメント化された化合物立体構造データベースの構築, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2022-BIO-69, 15, 1-8, Mar. 2022.  公式リンク  
  
• 山崎眞拓, 伊澤和輝, 平田稜, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 結合エネルギーを考慮したゲノムワイドな高速短鎖核酸配列検索手法の開発, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2022-BIO-69, 8, 1-8, Mar. 2022.  公式リンク  
  
• 玉野史結, 伊澤和輝, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. Gapmer型ASOにおけるオフターゲット効果のリスク評価手法の提案, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2022-BIO-69, 7, 1-7, Mar. 2022.  公式リンク  
  
• 杉田昌岳, 杉山聡, 藤江拓哉, 吉川寧, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過率の大規模予測, 第58回日本生物物理学会年会, Nov. 2021.
• 杉田昌岳, 杉山聡, 藤江拓哉, 吉川寧, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過率の大規模予測, 第58回日本生物物理学会年会, Nov. 2021.
• Sugita M, Sugiyama S, Takuya Fujie, Yoshikawa Y, Yanagisawa K, Ohue M, Akiyama Y.. Large-scale membrane permeability prediction of cyclic peptides crossing a lipid bilayer based on enhanced sampling molecular dynamics simulations, CBI学会2021年大会, Oct. 2021.  公式リンク  
  
• 杉田昌岳, 杉山聡, 藤江拓哉, 吉川寧, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過率の大規模予測, 第43回溶液化学シンポジウム, Oct. 2021.
• 津嶋佑旗, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰.. タンパク質表面との結合親和性を考慮した長距離フラグメントリンキング手法の開発, 第67回BIO研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2021-BIO-67, 1, Page 1-8, Sept. 2021.  公式リンク  
  
• 井澤和也, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 標的配列との結合・開放エネルギー推定に基づくアンチセンス核酸の阻害活性モデルの研究, 情報処理学会研究報告, Vol. 2021-BIO-65, No. 7, pp. 1-7, Mar. 2021.  公式リンク  
  
• 大上雅史, 青山建人, 秋山泰. GPUスパコンによる細胞スケールのタンパク質間相互作用予測, 生命情報科学若手の会第12回研究会, Aug. 2020.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Kento Aoyama, Yutaka Akiyama. High-performance cloud computing for exhaustive protein-protein docking, IPSJ Technical Report, Vol. 2020-MPS-129, No. 6, pp. 1-4, July 2020.  公式リンク  
  
• 高畠和輝, 伊澤和輝, 秋川元宏, 大上雅史, 秋山泰. 圧縮アミノ酸を利用した二段階のシード探索によるメタゲノム配列相同性検索の改良, 研究報告バイオ情報学（BIO）, Vol. 2020-BIO-61, No. 10, pp. 1-6, Mar. 2020.  公式リンク  
  
• 村田翔太朗, 山田雄太, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰. 二次元分子記述子を用いた機械学習による環状ペプチドの細胞膜透過性予測, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2020-BIO-61, No. 5, pp. 1-7, Mar. 2020.  公式リンク  
  
• 久保田陸人, 柳澤渓甫, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰. 共通な部分構造の再利用による高速なタンパク質リガンドドッキング手法の開発, 情報処理学会研究報告, Vol. 2020-BIO-61, No. 4, pp. 1-8, Mar. 2020.  公式リンク  
  
• 渡辺紘生, 大上雅史, 秋山泰. マルチノード・マルチGPU上での網羅的なタンパク質間相互作用予測の高速化, 情報処理学会研究報告, 情報処理学会, Vol. 2020-BIO-61, No. 3, pp. 1-8, Mar. 2020.  公式リンク  
  
• 大上雅史, 鈴木翔吾, 秋山泰. PKRank & SPDRank 化合物選別のためのランク学習法, 生命情報科学若手の会第11回研究会, Oct. 2019.  公式リンク  
  
• Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Accelerating MEGADOCK: protein-protein interaction prediction software on multiple nodes and multiple GPUs environment, 第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019), Sept. 2019.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Hiroki Watanabe, Kento Aoyama, Yutaka Akiyama. Acceleration and virtualization of parallel protein-protein interaction prediction system MEGADOCK, The 57th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Sept. 2019.  公式リンク  
  
• Masahito Ohue, Shogo D. Suzuki, Yutaka Akiyama. PKRank & SPDRank: Learning-to-rank methods for ligand-based virtual screening, 第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019), Sept. 2019.  公式リンク  
  
• Kento Aoyama, Hiroki Watanabe, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration for Bioinformatics Application, 第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019), Sept. 2019.  公式リンク  
  
• Yuta Yamada, Yasushi Yoshikawa, Naoki Wakui, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development of Membrane Permeability Prediction Method for Cyclic Peptids with Machine Learning, 第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019), Sept. 2019.  公式リンク  
  
• Kazuki Izawa, Kazuki Shibayama, Masahito Ohue, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama. Bacterial community and gene category composition analysis with high-speed homology search tool suggests the difference between periodontal disease and healthy sites, 第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019), Sept. 2019.  公式リンク  
  
• Shumpei Matsuno, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multidomain protein structure prediction using multimeric interaction residue pair information, 第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019), Sept. 2019.  公式リンク  
  
• Ohue M, Ii R, Yanagisawa K, Akiyama Y.. Molecular activity prediction using graph convolutional deep neural network considering distance on a molecular graph, IPSJ SIG Technical Report, Vol. 2019-MPS-124, No. 3, pp. 1-4, July 2019.  公式リンク  
  
• Aoyama K, Yamamoto Y, Ohue M, Akiyama Y.. Performance evaluation of MEGADOCK protein–protein interaction prediction system implemented with distributed containers on a cloud computing environment, IPSJ SIG Technical Report, Vol. 2019-MPS-124, No. 13, pp. 1-4, July 2019.  公式リンク  
  
• 松野駿平, 大上雅史, 秋山泰.. マルチドメインタンパク質の相互作用残基ペア予測を用いた立体構造予測手法の改良, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2019-BIO-58, No. 53, pp. 1-7, June 2019.  公式リンク  
  
• 李佳男, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰.. 機械学習を用いた環状ペプチドの体内安定性予測手法の改良, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, Vol. 2019-BIO-58, No. 52, pp. 1-8, June 2019.  公式リンク  
  
• 黄毅聰, 吉川寧, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰.. 拡張サンプリング法による環状ペプチドの膜透過性予測システムの構築, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2019-BIO-57, No. 10, pp. 1-8, Mar. 2019.  公式リンク  
  
• 伊井 良太, 柳澤 渓甫, 大上 雅史, 秋山 泰. 分子グラフ上の距離を考慮したグラフ畳込みニューラルネットワークによる化合物活性予測, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2019-BIO-57, No. 11, pp. 1-8, Mar. 2019.  公式リンク  
  
• 林 孝紀, 大上 雅史, 秋山 泰.. 代表タンパク質構造群との構造アラインメントスコアプロファイルに基づくタンパク質間相互作用予測の高速化, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2019-BIO-57, No. 12, pp. 1-8, Mar. 2019.  公式リンク  
  
• 山田 雄太, 吉川 寧, 和久井 直樹, 大上 雅史, 秋山 泰. 機械学習を用いた環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2019-BIO-57, No. 13, pp. 1-8, Mar. 2019.  公式リンク  
  
• 久保田陸人, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. 共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2018-BIO-54(42), 1-8, June 2018.
• 青山健人, 大上雅史, 秋山泰. 生命情報解析分野におけるコンテナ型仮想化技術の動向と性能検証, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2018-BIO-54, 47, 1-7, June 2018.  公式リンク  
  
• 渡辺紘生, 林孝紀, 大上雅史, 秋山泰. ミトコンドリアに関連したヒトタンパク質間相互作用予測データベースMEGADOCK-Web-Mitoの開発, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2018-BIO-54, 46, 1-8, June 2018.  公式リンク  
  
• 多治見隆志, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰. 複数のLasso回帰解に基づく解釈性の良い予測モデルを目指した環状ペプチド医薬品の体内安定性予測, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2018-BIO-54, 45, 1-8, June 2018.  公式リンク  
  
• 山本悠生, 大上雅史, 秋山泰.. クラウド上の分散GPU環境におけるタンパク質間相互作用予測計算フレームワークの開発, 情報処理学会 第53回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2017-BIO-53, 8, 1-8, Mar. 2018.  公式リンク  
  
• 後藤公太, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. 配列相同性検索ツールGHOSTZ-GPUのMPI環境における高速化, 情報処理学会 第53回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-53, 7, 1-8, Mar. 2018.
• 後藤公太, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. 配列相同性検索ツールGHOSTZ-GPUのMPI環境における高速化, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2018-BIO-53, 7, 1-8, Mar. 2018.  公式リンク  
  
• 山本悠生, 大上雅史, 秋山泰. クラウド上の分散GPU環境におけるタンパク質間相互作用予測計算フレームワークの開発, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 2018-BIO-53(8), Mar. 2018.
• 山澤 まりな, 伊澤 和輝, 大上 雅史, 石田 貴士, Kazuyuki Ishihara, 秋山 泰. 高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析, 情報処理学会 第50回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2017-BIO-50, 41, 1-7, June 2017.  公式リンク  
  
• 伊澤 和輝, 山澤 まりな, 大上 雅史, 石田 貴士, 秋山 泰. 歯周病の発症要因の特定に向けた口腔内細菌叢解析, 情報処理学会 第50回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2017-BIO-50, 40, 1-6, June 2017.  公式リンク  
  
• 林孝紀, 山本悠生, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰. タンパク質間相互作用予測統合データベースMEGADOCK-WEBの改良とクラウド計算環境との連携, 情報処理学会 第50回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2017-BIO-50, 39, 1-8, June 2017.  公式リンク  
  
• 柳澤渓甫, 小峰駿汰, 久保田陸人, 大上雅史, 秋山泰. フラグメント伸長型化合物ドッキング計算のための重み付きオフラインキャッシュ問題の厳密解アルゴリズム, 情報処理学会 第50回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2017-BIO-50, 38, 1-8, June 2017.  公式リンク  
  
• 大上 雅史, 山本 悠生, 秋山 泰. Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価, 情報処理学会 第49回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 2017-BIO-49, 4, 1-3, Mar. 2017.  公式リンク  
  
• 青山 健人, 山本 悠生, 大上 雅史, 秋山 泰. コンテナ型仮想化による分散計算環境におけるタンパク質間相互作用予測システムの性能評価, 情報処理学会 第49回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2017-BIO-49, 3, 1-8, Mar. 2017.  公式リンク  
  
• 柳澤渓甫, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. 標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング, 情報処理学会 第49回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 2017-BIO-49, 6, 1-7, Mar. 2017.  公式リンク  
  
• Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method with segmented compounds, Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2016, Oct. 2016.
• Takanori Hayashi, Kazuki Nagasawa, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. MEGADOCK-WEB: a database of predicted protein-protein interactions and its web interface, Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), Sept. 2016.
• Kota Goto, Kota Kasahara, Masahito Ohue, Haruki Nakamura, Yutaka Akiyama. Accelerating SHAKE Calculation of myPresto/omegagene Molecular Dynamics Simulation on CPU/GPU heterogeneous environment, Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), Sept. 2016.
• Marina Yamasawa, Tomoya Fujii, Kota Goto, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama. GPU/MPI Parallelization of Metagenomic Sequence Homology Search Tool and Its Application to Oral Metagenomics, Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), Sept. 2016.
• Shogo Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Learning to Rank with Ignoring Meaningless Order and Its Application to Virtual Screening for Drug Discovery, Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), Sept. 2016.
• Masahito Ohue, Yuki Yamamoto, Hiroyuki Sato, Takashi Matsushita, Yutaka Akiyama. MEGADOCK-Azure: High-performance protein-protein interaction prediction system on Microsoft Azure HPC, Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), Sept. 2016.
• Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound segmentation, Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), Sept. 2016.
• 秋山 泰. アミノ酸配列に対する高速な配列相同性検索（GHOSTXおよび並列版GHOST-MP）, 第一回マイクロプロテイン研究会, July 2016.
• Yutaka Akiyama. Massively parallel bioinformatics computing on K-computer, TSUBAME, and Azure: Metagenome analysis and exhaustive protein-protein interaction prediction, ICR seminar, July 2016.
• 後藤 公太, 笠原 浩太, 大上 雅史, 中村 春木, 秋山 泰. SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化, 情報処理学会 第46回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2016-BIO-46, 17, 1-7, June 2016.  公式リンク  
  
• 鈴木 翔吾, 大上 雅史, 秋山 泰. 活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング, 情報処理学会 第46回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2016-BIO-46, 26, 1-7, June 2016.  公式リンク  
  
• 柳澤 渓甫, 小峰 駿汰, 鈴木 翔吾, 大上 雅史, 石田 貴士, 秋山 泰. フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法ESPRESSO, 情報処理学会 第46回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2016-BIO-46, 18, 1-7, June 2016.  公式リンク  
  
• 秋山 泰. Azure上での1000コア級並列計算 ～生命情報解析の共通基盤を目指して, 学術情報基盤オープンフォーラム２０１６, http://www.nii.ac.jp/csi/openforum2016/track/day2_5.html#period1, May 2016.
• 藤井智也, 角田将典, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰. GPUを用いたメタゲノム配列相同性解析ツールのMPI並列化と応用, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2016-BIO-45, 3, 1-4, Mar. 2016.  公式リンク  
  
• 長澤一輝, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰. タンパク質間相互作用予測結果データベース及び表示系の構築, 情報処理学会 第45回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2016-BIO-45, 2, 1-4, Mar. 2016.  公式リンク  
  
• 山崎卓朗, 大上雅史, 秋山泰. タンパク質-化合物相互作用ネットワークのリンクマイニング, 情報処理学会 第45回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2016-BIO-45, 9, 1-7, Mar. 2016.  公式リンク  
  
• 大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰. タンパク質間相互作用予測システムMEGADOCKによるEGFRパスウェイ解析, 第21回創剤フォーラム若手研究会, Nov. 2015.
• 年本広太, 尾瀬淳, 池田和史, 前田和哉, 石田貴士, 秋山泰, 杉山 雄一. 機械学習を用いた薬物トランスポーター基質のin silico予測, 第21回創剤フォーラム若手研究会, Nov. 2015.
• 鈴木翔吾, 大上雅史, 秋山泰. 活性値情報のグループ化とランク学習による活性化合物予測, 第18回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2015), Nov. 2015.
• 柳澤 渓甫, 小峰 駿汰, 大上 雅史, 石田 貴士, 秋山 泰. Fast pre-filtering for virtual screening based on ligand decomposition, 第21回創剤フォーラム若手研究会, Nov. 2015.
• 鈴木翔吾, 大上雅史, 秋山泰. 活性値情報のグループ化を用いたランク学習による化合物スクリーニング, 第21回創剤フォーラム若手研究会, Nov. 2015.
• 伴 兼弘, 大上 雅史, 秋山 泰. Multiple Grids Arrangement for Improving Conformational Search of Protein-Ligand Docking and Its Application to Inverse Docking Problem, 第21回創剤フォーラム若手研究会, Nov. 2015.
• 秋山 泰. 次世代シークエンサデータ解析のための情報処理システムの開発, HPCI戦略プログラム分野１成果報告会, Oct. 2015.
• Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Multiple Grids Arrangement for Ligand Docking and Its Application to Inverse Docking Problem, IIBMP2015, Oct. 2015.
• Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Fast pre-filtering for virtual screening based on compound decomposition, IIBMP2015, Oct. 2015.
• 内古閑伸之, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰. 剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析, 第53回日本生物物理学会年会, Sept. 2015.
• 大上雅史, 内古閑伸之, 松崎由理, 秋山泰. アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析, 第53回日本生物物理学会年会, Sept. 2015.
• 大上雅史, 内古閑伸之, 松崎由理, 秋山泰. タンパク質間相互作用残基の物理化学的性質による単純化プロファイルを用いたポストドッキング解析, 第15回日本蛋白質科学会年会, June 2015.
• 年本広太, 尾瀬淳, 池田和史, 前田和哉, 石田貴士, 秋山泰, 杉山雄一. 機械学習を用いた薬物トランスポーター基質のin silico予測, 第10回トランスポーター研究会年会, トランスポーター研究会年会抄録集, Vol. 10, pp. 78, June 2015.
• 鈴木翔吾, 柳澤渓甫, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. SVMとDeep Learningに基づくヒトc-Yesキナーゼ阻害化合物の予測, 情報処理学会 第42回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2015-BIO-42, 36, 1-7, June 2015.  公式リンク  
  
• 和久井直樹, 大上雅史, 千葉峻太朗, 石田貴士, 岩﨑博史, 秋山泰. 既知の活性／非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択, 情報処理学会 第42回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2015-BIO-42, 60, 1-4, June 2015.  公式リンク  
  
• 小幡 康文, 石田貴士, 秋山泰. タンパク質ドッキングと配列情報特徴解析の融合によるタンパク質間相互作用予測の高精度化, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 一般社団法人情報処理学会, Vol. 2015, No. 14, pp. 1-6, Mar. 2015.
• 相澤 洋輔, 石田貴士, 秋山泰. ディープラーニングを利用したタンパク質天然変性領域予測, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 一般社団法人情報処理学会, Vol. 2015, No. 13, pp. 1-6, Mar. 2015.
• 小峰駿汰, 石田貴士, 秋山泰. フラグメント伸長型タンパク質-化合物ドッキングのビームサーチによる高速化, 情報処理学会 第42回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 2015.
• 杉原舜, 石田貴士, 秋山泰. 低分子化合物二次元構造比較システムの改良, 情報処理学会 第42回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 2015.
• 年本 広太, 若山 直美, 堀田駿, 前田 和哉, 石田 貴士, 秋山 泰, 杉山 雄一. 機械学習を用いた 9 つの主要な in vivo 薬物クリアランス経路の in silico 予測, 日本動物実験代替法学会 第27回大会, Dec. 2014.
• Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. The MEGADOCK Project: high-performance protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments, The Asia hub for e-drug discovery symposium 2014 (AHeDD' 2014), Nov. 2014.
• Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers, IIBMP2014, Bioinformatics, Volume 30, Issue 22, page 3281-3283, Nov. 2014.  公式リンク  
  
• 大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰. タンパク質とペプチドのドッキング計算, 生命情報科学若手の会 第6回研究会, Oct. 2014.
• Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. The MEGADOCK Project: high-performance protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments, Biophysical Society Thematic Meeting Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery: Bridging Experiments and Computations, Sept. 2014.
• 大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCK: a high-performance protein-protein interaction prediction tool on supercomputing environments, 第52回日本生物物理学会年会, Sept. 2014.
• 内古閑伸之, 松崎由理, 大上雅史, 広川貴次, 秋山泰. Analysis of properties of protein-protein interaction surface areas involved in more near-native conmplexes by Re-docking scheme, 第52回日本生物物理学会年会, Sept. 2014.
• 大上 雅史, 下田 雄大, 松崎由理, 石田 貴士, 秋山泰. 大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキング計算システム (情報論的学習理論と機械学習), 電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 一般社団法人電子情報通信学会, Vol. 114, No. 105, pp. 173-176, June 2014.
• 柳澤 渓甫, 石田 貴士, 秋山泰. 半教師付き学習を用いた薬物クリアランス経路予測 (情報論的学習理論と機械学習), 電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 一般社団法人電子情報通信学会, Vol. 114, No. 105, pp. 55-60, June 2014.
• 大上雅史, 下田 雄大, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰. 大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキング計算システム, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 一般社団法人情報処理学会, Vol. 2014-BIO-38, No. 32, pp. 1-4, June 2014.  公式リンク  
  
• 柳澤 渓甫, 石田貴士, 秋山泰. 半教師付き学習を用いた薬物クリアランス経路予測 (ニューロコンピューティング), 電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 一般社団法人電子情報通信学会, Vol. 114, No. 104, pp. 55-60, June 2014.
• 柳澤 渓甫, 石田貴士, 秋山泰. 半教師付き学習を用いた薬物クリアランス経路予測, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 一般社団法人情報処理学会, Vol. 2014, No. 10, pp. 1-6, June 2014.
• 大上 雅史, 下田 雄大, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰. 大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキング計算システム (ニューロコンピューティング), 電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 一般社団法人電子情報通信学会, Vol. 114, No. 104, pp. 173-176, June 2014.
• 柳澤 渓甫, 石田 貴士, 秋山泰. 半教師付き学習を用いた薬物クリアランス経路予測, 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 一般社団法人情報処理学会, Vol. 2014, No. 10, pp. 1-6, June 2014.
• 蓮実 梢, 石田 貴士, 秋山 泰. パスウェイ情報を用いた顧みられない熱帯病 創薬支援のための統合データベースiNTRODBの改良, 情報処理学会 第38回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 2014-BIO-38, June 2014.
• 青山 健人, 角田 将典, 松崎 由理, 石田 貴士, 秋山 泰. エクソーム解析パイプラインの京コンピュータ上での大規模並列化, 情報処理学会第38回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 2014-BIO-38, June 2014.
• 大上 雅史, 下田 雄大, 松崎由理, 石田 貴士, 秋山泰. 大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキング計算システム, 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 一般社団法人情報処理学会, Vol. 2014, No. 32, pp. 1-4, June 2014.
• 秋山 泰. 大規模メタゲノム解析向け超並列相同性検索パイプラインの構築, 「知の創出を支える次世代IT基盤拠点」 生命科学のビッグデータ研究会, Mar. 2014.
• 伴兼弘, 石田貴士, 秋山泰. 蛋白質-化合物ドッキングにおけるグリッドの分散配置による配座探索の改良, 第37回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, vol. 2014-BIO-37, no. 4, pp. 1-7, Mar. 2014.
• 大上雅史, 下田雄大, 松崎由理, 内古閑伸之, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCK 4.0: mega-dock per dayへの道のり, 生命情報科学若手の会 第5回研究会, Feb. 2014.
• 渡部翔, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰. GPGPUを用いた高速な配列相同性検索の圧縮アミノ酸を用いたアルゴリズム改良, 第36回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, vol. 2013, no. 20, pp. 1-7, Dec. 2013.
• 杉浦典和, 石田貴士, 秋山泰, 関嶋政和. de Bruijn Graphの分割によるVelvetの消費メモリの低減, 第36回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, vol. 2013-BIO-36, no. 6, pp. 1-7, Dec. 2013.
• 小松祐城, 石田貴士, 秋山泰. 拡張されたナイーブベイズを用いたメタゲノム配列の系統分類, 第36回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, vol. 2013-BIO-36, no. 21, pp. 1-6, Dec. 2013.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Highly precise protein-protein interaction prediction by integrating template-based and template-free protein docking, The 2013 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2013), P077, Nov. 2013.
• 石田貴士, 蓮実梢, 伴兼弘, 秋山泰. NTDs創薬ターゲットタンパク質選択のためのデータベースiNTRODBの開発, 第54回日本熱帯医学会大会, No. p2-53, Oct. 2013.
• 小幡 康文, 石田貴士, 夏目 徹, 秋山泰. タンデム質量分析ソフトウェアCoCoozoのマルチコアCPUとGPUを用いた高速化, 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 一般社団法人情報処理学会, Vol. 2013, No. 5, pp. 1-4, July 2013.
• 渡部翔, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰. GPUを用いた配列相同性検索ツールGHOSTMの圧縮アミノ酸による高速化, GTC Workshop Japan 2013, July 2013.
• 下田雄大, 石田貴士, 鈴木脩司, 大上雅史, 秋山泰. MEGADOCK-GPU: GPUによるタンパク質間ドッキング計算の高速化, GTC Workshop Japan 2013, No. 1, July 2013.
• 任 愛珍, 石田貴士, 秋山泰. SDBP: スピーディー・ダブルブートストラップ法に基づいた系統樹の信頼性評価のためのRパッケージ, 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 一般社団法人情報処理学会, Vol. 2013, No. 4, pp. 1-4, July 2013.
• 齊藤 有紀, 石田貴士, 関嶋 政和, 秋山泰. 結合自由エネルギー計算を用いた薬物クリアランス経路予測の改善 (ニューロコンピューティング), 電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 一般社団法人電子情報通信学会, Vol. 113, No. 111, pp. 83-88, June 2013.
• 吉川舜亮, 石田貴士, 関嶋政和, 秋山泰. Sparse k-mer graphアルゴリズムの評価とVelvetへの実装, 第34回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, vol. 2013-BIO-34, no. 1, pp. 1-7, June 2013.
• 小幡康文, 石田貴士, 夏目徹, 秋山泰. GPGPUによるタンパク質タンデム質量分析の高速化, 第34回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, vol. 2013-BIO-34, no. 13, pp. 1-8, June 2013.
• 齊藤有紀, 石田貴士, 関嶋政和, 秋山泰. 結合自由エネルギー予測を用いたクリアランス経路予測の改善に関する研究, 第34回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, vol. 2013-BIO-34, no. 15, pp. 1-6, June 2013.
• 大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCK：構造ドッキング計算を用いたタンパク質間相互作用の大規模予測, 第13回日本蛋白質科学会年会, 1P-059, June 2013.
• 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰. データベースの部分文字列クラスタリングによるアミノ酸配列相同性検索の高速化, 第34回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, vol. 2013-BIO-34, no. 14, pp. 1-7, June 2013.
• 秋山泰, 松崎由理, 石田貴士, 大上雅史, 内古閑 伸之. 網羅的タンパク質ドッキング予測プログラムMEGADOCKの開発と応用, 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ （HPCI） の構築」HPCI戦略プログラム「グランドチャレンジ・アプリケーションの研究開発」公開シンポジウム, Mar. 2013.
• 松崎由理, 大上雅史, 石田貴士, 内古閑伸之, 秋山泰. 大規模タンパク質間ネットワーク推定に関する研究, 平成24年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会, Mar. 2013.
• 大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 山本航平, 下田雄大, 藤原隆之, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCK 3.0：超並列タンパク質間相互作用予測システム, 生命情報科学若手の会 第4回研究会, Mar. 2013.
• 大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCK: 大規模タンパク質間相互作用予測システムとその応用, HPCS2013 ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム, Jan. 2013.
• 秋山泰, 松崎由理, 大上雅史, 石田貴士, 内古閑伸之. 網羅的タンパク質ドッキング解析プログラムMEGADOCKの開発と応用, ISLiMソフトウェア研究開発報告会, Jan. 2013.
• Yutaka Akiyama. Large-scale protein-protein interaction network prediction by an exhaustive rigid docking system MEGADOCK, ISLiM国際シンポジウム, 2013.  公式リンク  
  
• 大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のヒトアポトーシスパスウェイ解析への応用, 第32回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2012-BIO-32, No. 13, pp. 1-8, Nov. 2012.  公式リンク  
  
• 山本航平, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. 構造情報に基づくタンパク質間相互作用ネットワーク予測精度の改善, 第32回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, vol. 2012-BIO-32, no. 14, pp. 1-7, Nov. 2012.  公式リンク  
  
• 秋山 泰. 世界最深度のメタゲノム解析を可能にする超並列パイプラインの開発, サイエンティフィック・システム研究会 合同分科会 2012年度会合, Oct. 2012.
• 下田雄大, 石田貴士, 秋山泰. タンパク質間ドッキング予測における実空間での効率的な評価スコア計算方法の研究, 情報処理学会研究報告, 第29回バイオ情報学研究会, vol. 2012-BIO-29, no. 20, p. 1-3, June 2012.
• 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. 簡易疎水性相互作用モデルによるタンパク質間ドッキング予測の高精度化, 第29回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, vol. 2012-BIO-29, no. 21, p. 1-3, June 2012.  公式リンク  
  
• 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山 泰. Suffix arrayを用いた高速な配列相同性検索の改良とエピゲノム解析への対応, 第29回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, Vol. 2012-BIO-29, No. 24, pp. 1-7, June 2012.
• 藤原 隆之, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰. タンパク質間ドッキング予測における目的関数の機械学習を用いた動的調整, 電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング, 一般社団法人電子情報通信学会, Vol. 112, No. 108, pp. 101-103, June 2012.
• 藤原隆之, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰. タンパク質間ドッキング予測における機械学習を用いた目的関数の動的調整, 第29回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, Vol. 2012-BIO-29, No. 19, pp. 1-3, June 2012.
• 杉浦典和, 石田貴士, 関嶋政和, 秋山泰. ハッシュテーブルの分割によるde novoアセンブリの改良, 情報処理学会第29回バイオ情報学研究発表会, 情報処理学会研究報告, 情報処理学会, 2012-BIO-29, June 2012.
• 松崎 由理, 内古閑 伸之, 大上 雅史, 秋山 泰. 網羅的タンパク質ドッキング解析プログラムMEGADOCKの開発と応用, 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ（HPCI）の構築」（※1） 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発（ナノ）（※2） 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発（ライフ） 公開シンポジウム, Mar. 2012.
• 秋山泰. スーパーコンピュータが解き明かす生命の不思議, 京速コンピュータ「京」を知る集い, Jan. 2012.
• 秋山 泰, 松崎 由理, 内古閑 伸之, 石田 貴士, 大上 雅史. 網羅的タンパク質ドッキング解析プログラムMEGADOCKの開発と応用, 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発成果報告会 ISLiM成果報告会2011, Dec. 2011.
• 秋山泰. 網羅的タンパク質間相互作用予測ソフトウェアMEGADOCKの開発と応用, 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発成果報告会, Dec. 2011.
• 秋山泰. 機械学習を用いた薬物のクリアランス経路予測, CBI/JSBi 2011 合同大会 （CBI学会2011年大会、2011年日本バイオインフォマティクス学会年会）, Nov. 2011.
• 坂田幸佑, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰. GPU を用いた配列相同性検索ツールの マルチGPU 向け最適化, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), vol. 2011-BIO-26(2), pp. 1-7, Oct. 2011.
• 秋山泰. 次世代DNAシークエンサデータの超高速解析, 第3回HPCI戦略プログラム合同研究交流会, Oct. 2011.
• 松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCK: 網羅的な立体構造のドッキングによるタンパク質間相互作用予測アプリケーション, バイオスーパーコンピューティング サマースクール2011バイオスーパーコンピューティング, Sept. 2011.
• 内古閑 伸之, 松崎 由理, 大上 雅史, 広川 貴次, 秋山 泰. 相互作用プロファイルを用いたタンパク質間ドッキングの代表相互作用の探索, 第49回日本生物物理学会年会, Sept. 2011.
• 鈴木 脩司, 石田 貴士, 秋山 泰. マルチCPUコアとGPUを用いた高速な配列相同性検索, GTC Workshop Japan 2011, July 2011.
• 秋山泰. 「京」がひらく生命情報解析の扉, 次世代スーパーコンピュータ 京コンピュータ 市民セミナー, July 2011.
• 池田和史, 前田和哉, 尾瀬 淳, 杉山雄一, 秋山 泰. 特徴選択とサポートベクターマシンを用いた薬物トランスポーター予測システムの構築, 情報処理学会 第73回全国大会, July 2011.
• 山本航平, 大上雅史, 内古閑伸之, 松崎由理, 石田貴士, 秋山 泰. タンパク質間相互作用予測における可視化手法の開発および予測精度の改善, 情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会, 研究報告 バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, vol. 2011-BIO-25, 31, pp. 1-7, June 2011.  公式リンク  
  
• 稲吉一馬, 石田貴士, 前田和哉, 杉山雄一, 秋山 泰. 能動学習法を利用した薬物クリアランス経路予測の改良, 情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会, vol. 2011-BIO-25, pp. 1-8, June 2011.
• 大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山 泰. ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測, 情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会, 研究報告 バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, vol. 2011-BIO-25, 30, pp. 1-8, June 2011.  公式リンク  
  
• 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山 泰. GPUを用いた高速な配列相同性検索のsuffix arrayによる改良, 情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会, vol. 2011-BIO-25, pp. 1-8, June 2011.
• 坂田幸佑, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山 泰. GPU配列相同性検索ツールのマルチGPU向け最適化と長断片への対応, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• 山本航平, 大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山 泰. タンパク質ドッキング計算結果の可視化とその解析, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• Wisnu Ananta Kusuma, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. An Effective Approach for Assembling Very Short Reads from Next Genaration Sequencer, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), vol. 2011-BIO-24, no. 4, pp. 1-7, Mar. 2011.
• 大上雅史, 松崎由理, 秋山 泰. 立体構造情報を用いたドッキング計算による大規模タンパク質-RNA間相互作用予測手法, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• 尾渡裕成, 関嶋政和, 秋山 泰. タンパク質-リガンド間の結合性解析の自動パイプライン化, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• 並木洋平, 石田貴士, 秋山 泰. 次世代シーケンサーから得られたDNA配列の高速クラスタリングに関する研究, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• 松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のシグナル伝達系への応用, 第3回 バイオスーパーコンピューティングシンポジウム, Feb. 2011.
• 並木洋平, 秋山泰. 最長共通部分列に基づくDNA配列の高速クラスタリング, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), vol. 2010-BIO-23(24), pp. 1-7, Dec. 2010.
• 鈴木 脩司, 石田 貴士, 秋山 泰. FM-indexを用いた高速な配列相同性検索ツールの開発, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), vol. 2010-BIO-23(20), pp. 1-6, Dec. 2010.
• 秋山泰. MEGADOCK: Ultra Fast Structure Based Protein-Protein Interaction Prediction System, Global COE CompView シンポジウム, Nov. 2010.
• Shun Hotta, Kouta Toshimoto, Kazushi Ikeda, Makiko Kusama, Kazuya Maeda, Yuichi Sugiyama, Yutaka Akiyama. Construction of a web-based system for the prediction of major clearance pathway of drugs from their physicochemical properties, 25th JSSX Annual Meeting in Tokyo, Oct. 2010.
• 秋山泰. Large-scale Bioinformatics Applications on Multi-node GPU, IPAB沖縄ワークショップ Seeds and Needs for Large Scale Computing 2010, Oct. 2010.
• Kazushi Ikeda, Kazuya Maeda, Atsushi Ose, Yuichi Sugiyama, Yutaka Akiyama. In silico prediction of substrates of drug transporters based on support vector machine and feature selection, 日本薬物動態学会 第25回年会, Oct. 2010.
• Naomi Wakayama, Kouta Toshimoto, Shun Hotta, Kazuya Maeda, Makiko Kusama, Satashi Imai, Yutaka Akiyama. Evaluation of in silico prediction method of drug clearance pathways from simple physicochemical parameters, 日本薬物動態学会 第25回年会, Oct. 2010.
• 石田貴士, 秋山泰. 単純ベイズ確率モデルの導入による天然変性蛋白質領域予測の改良, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), Vol. 21, No. 34, pp. 1-6, June 2010.
• 堀田駿, 年本広太, 池田和史, 草間真紀子, 前田和哉, 杉山雄一, 秋山泰. ウェブアプリケーションによるクリアランス経路予測, 情報処理学会 第21回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, Vol. 2010-BIO-21, No. 20, pp. 1-8, June 2010.
• 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰. GPUによるDNA断片配列の高速マッピング, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), vol. 2010-BIO-21(23), pp. 1-6, June 2010.
• 大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰. MEGADOCK：立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用, 情報処理学会数理モデル化と問題解決研究会, 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 情報処理学会, Vol. 2010-MPS-78, No. 3, pp. 1-9, May 2010.  公式リンク  
  
• 年本 広太, 草間 真紀子, 池田 和史, 堀田 駿, 前田 和哉, 杉山 雄一, 秋山 泰. SVMを用いた薬物クリアランス経路予測システムの開発―複数経路予測への拡張と外部データによる評価―, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), vol. 2010-BIO-20(8), pp. 1-8., Mar. 2010.
• 秋山 泰. MEGADOCKの新機能と開発状況, 第１０回データ解析融合ワークショップ, Mar. 2010.
• 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山 泰. エネルギー計算に基づくリランキングとクラスタリングを用いた網羅的タンパク質間相互作用予測手法の提案, 第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM2010), 第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM2010), E4-4, Mar. 2010.
• 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰. リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用, 情報処理学会 第20回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2010-BIO-20, No. 3, pp. 1-8, Feb. 2010.  公式リンク  
  
• 松崎裕介, 大上雅史, 松崎由理, 佐藤智之, 関嶋政和, 秋山泰. タンパク質の特性に基づくunboundドッキングのための剛体予測手法の改良, 情報処理学会 第20回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2010-BIO-20, No. 4, pp. 1-8, Feb. 2010.  公式リンク  
  
• 松崎裕介, 松崎由理, 関嶋政和, 秋山泰. 分子動力学法に基づくタンパク質構造サンプリングとドッキング予測の改良, 情報処理学会 第18回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 情報処理学会, Vol. 2009-BIO-18,, No. 1, pp. 1-6, Sept. 2009.
• 尾渡裕成, 関嶋政和, 秋山泰. フラグメントMO法によるノイラミニダーゼ阻害薬の結合性解析, 情報処理学会 第18回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 情報処理学会, Vol. 2009-BIO-18, No. 4, pp. 1-7, Sept. 2009.
• 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 秋山泰. 網羅的タンパク質間相互作用予測システムにおける判別精度の改良, 情報処理学会 第18回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, Vol. 2009-BIO-18, No. 3, pp. 1-8, Sept. 2009.  公式リンク  
  
• 秋山泰. バイオインフォマティクスは複雑系を説明する, 第61回日本生物工業学会大会, 第61回日本生物工業学会大会講演要旨集, 社団法人 日本生物工学会, Vol. 61, No. 3S15p02, p. 293, Aug. 2009.  公式リンク  
  
• Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data: with application to pathway analysis, Joint Computational Science Workshop 2009, July 2009.
• 秋山 泰. HPCに支えられてきたバイオインフォマティクス研究, 第５０回 超並列計算研究会, May 2009.
• 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰. 物理化学的相互作用の導入による網羅的タンパク質間相互作用予測システムの高精度化, 情報処理学会 第17回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2009-BIO-17, 11, 1-8, May 2009.  公式リンク  
  
• 並木洋平, 秋山泰. パイロシーケンシング法で決定されたDNA配列の読み取り誤差の訂正, 情報処理学会 第17回バイオ情報学研究会, 情報処理学会バイオ情報学研究会研究報告, 情報処理学会, 17, 12, May 2009.
• 池田和史, 年本広太, 草間真紀子, 前田和哉, 杉山雄一, 秋山泰. ブースティングによる薬物クリアランス経路予測, 情報処理学会 第17回バイオ情報学研究会, 情報処理学会バイオ情報学研究会研究報告, 情報処理学会, 17, 10, May 2009.
• 秋山泰. GPUによる超高速処理～配列マッピングとタンパク質ドッキングへの応用～, 第２回東工大生命情報学セミナー, Mar. 2009.
• 松崎 由理, 松崎 裕介, 大上雅史, 佐藤 智之, 秋山 泰. ドッキング後処理によるPPI検出システムの応用と評価～EGFRシグナル伝達系への適用にむけて, 第8回データ解析融合ワークショップ（公開ワークショップ）, Mar. 2009.
• 秋山泰. バイオインフォマティクスの最新動向 －生物情報解析と音響学の隠れたハーモニー－, 日本音響学会春季研究発表会, Mar. 2009.
• Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. In silico screening method of protein-protein interactions using all-to-all rigid docking and clustering: with application to pathway analysis, Biosupercomputing symposium (BSCS2008), Dec. 2008.
• Yutaka Akiyama, Toshiyuki Sato, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki. MEGADOCK - A massively parallel software system for all-to-all protein docking analysis with pre-calculated Fourier library of protein structures, Biosupercomputing symposium (BSCS2008), Dec. 2008.
• Kouta Toshimoto, Makiko Kusama, Kazuya Maeda, Yuichi Sugiyama, Yutaka Akiyama. In silico prediction of major drug clearance pathways by machine learning techniques, International Symposium on Pathway/Network to Disease and Drug Discovery (CBI2008), Oct. 2008.
• Makiko Kusama, Kouta Toshimoto, Kazuya Maeda, Yuka Hirai, Satoki Imai, Koji Chiba, Yutaka Akiyama, Yuichi Sugiyama. Classification of major clearance pathways of drugs based on physicochemical parameters, 23rd Annual Meeting of the Japanese Society for the Study of Xenobiotics, Oct. 2008.
• Kouta Toshimoto, Makiko Kusama, Kazuya Maeda, Yuichi Sugiyama, Yutaka Akiyama. In silico prediction of major drug clearance pathways by machine learning techniques, 23rd Annual Meeting of the Japanese Society for the Study of Xenobiotics, Oct. 2008.
• Makiko Kusama, Kouta Toshimoto, Kazuya Maeda, Yuka Hirai, Satoki Imai, Koji Chiba, Yutaka Akiyama, Yuichi Sugiyama. Classification of major clearance pathways of drugs based on physicochemical parameters, Recent progress in in silico ADME prediction,34th Mini-Symposium of Dept of Molecular Pharmacokinetics, Sept. 2008.
• Yutaka Akiyama, Toshiyuki Sato, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki. Megadock - a rapid screening system for all-to-all protein docking analysis with pre-calculated fourier library of protein structures, 1st Joint Workshop on Computational Science, July 2008.
• Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. Analysis of protein-protein interactions of signal transduction pathways using a docking prediction program, 1st Joint Workshop on Computational Science, July 2008.
• Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama. Development of post-docking system for protein-protein interaction prediction, 1st Joint Workshop on Computational Science, July 2008.
• 松崎 裕介, 松崎 由理, 佐藤 智之, 秋山 泰. タンパク質間相互作用予測のためのドッキング後処理システムの開発, 第13回バイオ情報学研究会, 情報処理学会 研究報告, 2008, 58, 17-20, June 2008.
• 秋山 泰. パイロシーケンシング法における読み取りエラー発生シミュレータとその応用, 第６回ライフサーベイヤシンポジウム, June 2008.
• 年本 広太, 草間 真紀子, 前田 和哉, 杉山 雄一, 秋山 泰. 医薬品の物理化学的特性に基づいた薬物動態プロファイリング (II), 第24回日本DDS学会, June 2008.
• 小西史一, 竹本千重, 赤坂領吾, 行木信一, 秋山泰, 横山茂之, 豊田哲郎, 村山和隆. 結晶スクリーニング結果を活用した機械学習による結晶化条件の予測モデルアレイ, 情報処理学会, バイオ情報学研究会, 電子情報通信学会, ニューロコンピューティング研究, 電子情報通信学会, 非線形問題研究会, 情報処理学会 研究報告, Vol. 2008, No. 58, pp. 49-54, June 2008.
• 草間 真紀子, 平井 由香, 前田 和哉, 今井 覚己, 千葉 康司, 年本 広太, 秋山 泰, 杉山 雄一. 医薬品の物理化学的特性に基づいた薬物動態プロファイリング (I), 第24回日本DDS学会, June 2008.
• 年本 広太, 草間 真紀子, 前田 和哉, 杉山 雄一, 秋山 泰. 機械学習を用いた薬物のクリアランス経路予測, 第13回バイオ情報学研究会, 情報処理学会 研究報告, 2008, 58, 43-48, June 2008.
• 松崎 由理, 松崎 裕介, 佐藤 智之, 秋山 泰. タンパク質ドッキング予測プログラムによるシグナル伝達系のタンパク質間相互作用解析, 第13回バイオ情報学研究会, 情報処理学会 研究報告, 2008, 58, 21-24, June 2008.
• 松崎 由理, 松崎 裕介, 佐藤 智之, 秋山 泰. 細菌の走化性系への適用によるタンパク質間相互作用予測プログラムの評価, 第5回データ解析融合ワークショップ（公開ワークショップ）, Mar. 2008.
• Priyantha Wijayatunga, Yutaka Akiyama. On protein-protein interaction prediction with yeast two-hybrid experiment data and protein domain associations, 第5回データ解析融合ワークショップ（公開ワークショップ）, Mar. 2008.
• 秋山 泰, 松崎 裕介, 佐藤 智之, 藤原 康広, 松崎 由理, 小西 史一. 形状相補性に基づくタンパク質間相互作用予測ソフトウェアと大規模並列計算機上での網羅的な予測環境の開発, 第5回データ解析融合ワークショップ（公開ワークショップ）, Mar. 2008.
• 秋山泰. バイオインフォマティクスと大規模並列処理, ENDLESS DEBATE バイオ分野でペタフロップスコンピュータをいかに使いこなすか, Mar. 2008.
• 秋山 泰. パイロシーケンシング法における読み取りエラー発生シミュレータとその応用, 第５回ライフサーベイヤシンポジウム, 2008.
• C Motono, T Hirokawa, Y Sato, K Fujiwara, N Misoo, N Sakaya, K Tomii, Y Akiyama. An exhaustive modeling and evaluation system in protein 3d structure prediction pipeline FORTE-SUITE, 45th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Dec. 2007.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクスの概要, 東京都健康安全研究センター技術懇話会, Oct. 2007.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクスとは何か？, 2007年生命科学夏の学校, Aug. 2007.
• 秋山 泰. 大規模計算を用いた網羅的なタンパク質相互作用予測への試み, 第一回東工大生命情報学セミナー, Aug. 2007.
• 富永 大介, 油谷 幸代, 中川 康二, 孫 富艶, 堀本 勝久, 秋山 泰, 吉田 寛, 阿久津 達也. 細胞アレイによる時系列データの処理および解析砲の開発, 化学工学会バイオ部会シンポジウム「細胞チップの最前線」, July 2007.
• 関嶋 政和, 土井 淳, 本田 真也, 野口 保, 清水 茂則, 秋山 泰. 大規模分子動力学シミュレーションによる自由エネルギー地形解析システムの開発タンパク質間相互作用予測のためのドッキング後処理システムの開発, 第9回バイオ情報学研究会, 情報処理学会 研究報告, June 2007.
• 秋山 泰, 堀本 勝久, 富永 大介, 油谷 幸代, 中川 康二, 孫 富艶. 細胞アレイ計測に基づくアポトーシス関連ネットワーク解析, モデル細胞を用いた遺伝子機能等解析技術開発/細胞アレイ等による遺伝子機能の 解析技術開発ワークショップ「ターゲット遺伝子探索の新技術-遺伝子の森から創薬を見る-」, May 2007.
• 秋山 泰. システム生物学と創薬, 第21回日本薬物動態学会ワークショップ～医薬品開発を加速化・効率化するための ボトルネック解消～, Apr. 2007.
• 富永 大介, 井口 富久美, 堀本 勝久, 秋山 泰. 細胞アレイのための大規模画像処理システムの開発, 第8回バイオ情報学研究会, 情報処理学会 研究報告, 2007, 21, 57-62, Mar. 2007.
• 関嶋政和, 本田真也, 本野千恵, 秋山 泰, 野口 保. 大規模分子動力学シミュレーションによる生体分子の自由エネルギー地形解析, 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会予稿集, pp. Poster-24, Feb. 2007.
• 吉川達也, 塚本弘毅, 蓬来祐一郎, 藤原康広, 秋山 泰. PPPDock: Protein-Protein docking system using a high-performance FFT algorithm on BlueGene (BlueProtein),, 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会要旨集, pp. Poster-23, Feb. 2007.
• 本野千恵, 藤原康広, 佐藤美和, 酒谷尚文, 富井健太郎, 広川貴次, 秋山 泰. タンパク質立体構造予測における網羅的モデリング・構造評価システムの並列化, 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会予稿集, pp. Poster-12, Feb. 2007.
• 秋山 泰, 堀本勝久, 富永大介, 油谷幸代, 中川康二, 孫 富艶. トランスフェクション・マイクロアレイによる生細胞観察のための大規模全自動画像処理システムの開発, 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会予稿集, pp. Poster-07, Feb. 2007.
• 秋山泰. 大規模計算によるタンパク質立体構造解析と創薬支援, 第3回未来ソリューション・フォーラム予稿集, Dec. 2006.
• 福井一彦, 高橋勝利, 秋山 泰. 実験とシミュレーションによる中赤外自由電子レーザーを用いたフラグメント解析, CBRC 2006予稿集　G6, Sept. 2006.
• 塚本弘毅, 清水英明, 石田貴士, 秋山 泰, 貫名信行. CAGリピート病におけるポリグルタミン領域のアグリゲーションメカニズムの解析, CBRC 2006 予稿集 G5, Sept. 2006.
• 吉川達也, 塚本弘毅, 蓬来祐一郎, 真下忠彰, 秋山 泰. 超並列計算機BlueGene(BlueProtein)を用いた大規模タンパク質ドッキングシステムの開発, CBRC 2006 予稿集 G3, Sept. 2006.
• 本野千恵, 藤原康広, 三十尾潔高, 佐藤美和, 酒谷尚文, 富井健太郎, 広川貴次, 秋山 泰. タンパク質立体構造予測システムFORTE-SUITEの自動化・並列化, CBRC 2006 予稿集 G2, Sept. 2006.
• 富井健太郎, 本野千恵, 佐藤美和, 太田元規, 酒谷尚文, 藤原康広, 三十尾潔高, 広川貴次, Paul Horton, 秋山 泰. 立体構造予測実験CASP7に対するとり組み, CBRC 2006 予稿集 B5, Sept. 2006.
• 秋山 泰. タンパク質立体構造およびタンパク質間ドッキングの計算機予測へ向けて, 日本学術振興会ゲノムテクノロジー第１６４委員会シンポジウム～環境から医学まで：ゲノムテクノロジーが変えるバイオ戦略～, Sept. 2006.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクスによる大規模情報解析の最前線, 第19回バイオメディカル分析科学シンポジウム(BMAS2006), Aug. 2006.
• 秋山泰. 生命の謎と算数パズル, 算数オリンピック２００６日中知的交流会, Aug. 2006.
• 秋山 泰, 藤渕 航. mRNAの網羅的発現データを対象としたバイオインフォマティクス解析プラットフォームの構築, 第３回ライフサーベイヤシンポジウム, June 2006.
• 秋山 泰. 細胞内mRNAの網羅的計測を支援するデータ処理ソフトウェアの開発, 第３回ライフサーベイヤシンポジウム講演予稿集, June 2006.
• 秋山 泰. 並列バイオインフォマティクス：オームワイドな網羅計算への挑戦, 国際バイオEXPO 2006, May 2006.
• 秋山 泰, 藤原康広, 中山 洋, 夏目 徹. 大規模プロテオミクス研究向け質量分析エンジンCoCoozoの改良, 平成17年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会要旨集, pp. Poster-40, Feb. 2006.
• 福井一彦, 秋山 泰, 高橋勝利. 波長可変レーザーを用いた糖鎖・糖ペプチドの赤外多光子励起, 平成17年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会要旨集, pp. Poster-06, Feb. 2006.
• 向井有理, 広川貴次, 富井健太郎, 浅井 潔, 秋山 泰, 諏訪牧子. GGtraP:ゴルジ膜貫通領域に注目した糖転移酵素検出ツール, 平成17年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会要旨集, pp. Poster-32, Feb. 2006.
• Akiyama, Y.. From bioinformatics to computational biology: aligning, clustering, fitting, toward simulating, International Symposium on Leading Project for Biosimulation, July 2005.
• 秋山 泰. 大規模並列計算を利用した遺伝情報解析支援, 日本人類遺伝学会第49回大会, Oct. 2004.
• Akiyama, Y., Misoo, K., Omura, Y., Matsumoto, H., Saito, M., Noguchi, T., Onizuka, K.. Parallelization of Space Plasma Particle Simulation, Lecture Notes on Computer Science, Vol. 1336, pp. 281-292, Nov. 1997.

その他の論文・著書など

• 赤木 果歩, 柳澤 渓甫, 秋山 泰. 共溶媒分子動力学法による化合物ドッキング向けのバイアス情報の取得, 情報処理学会 第148回MPS・第78回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 37, 1-8, June 2024.
• 清水 正義, 柳澤 渓甫, 秋山 泰. 有望なフラグメント空間配置対に基づく化合物プレスクリーニング手法の開発, 情報処理学会 第148回MPS・第78回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 38, 1-8, June 2024.
• 布部 絢子, 柳澤 渓甫, 秋山 泰. フラグメントに基づくバーチャルスクリーニングへの利用などを目指したフラグメント集合の選定, 情報処理学会 第77回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 31, 1-7, Mar. 2024.
• 齋藤那哉, 柳澤渓甫, 秋山 泰. フラグメント対の相対位置から検索可能な化合物立体配座データベースの構築, 情報処理学会 第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2022-BIO-74, 37, 1-8, June 2023.
• 渡辺銀河, 柳澤渓甫, 秋山 泰. 標的RNAの高次構造予測に基づく低活性ASO候補配列の推測, 情報処理学会 第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2022-BIO-74, 36, 1-8, June 2023.
• 大上雅史, 林孝紀, 秋山泰. タンパク質間相互作用と複合体構造の予測結果を検索できるウェブサイト「MEGADOCK-Web」, 実験医学 2019年6月号, 羊土社, Vol. 37, No. 9, pp. 1469-1474, May 2019.  公式リンク  
  
• 秋山 泰, 石田 貴士, 角田将典, 鈴木脩司. 次世代ＤＮＡシークエンサデータの超高速解析, BioSupercomputing Newsletter, Vol. 5, pp. 13, Nov. 2011.
• Yutaka Akiyama, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue. Exhaustive protein-protein interaction network prediction by using MEGADOCK, BioSupercomputing Newsletter, Computational Science Research Program, RIKEN Research Cluster for Innovation, Vol. 3, pp. 8, Dec. 2010.
• 松崎由理, 大上雅史, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山 泰. MEGADOCKによるタンパク質間相互作用予測～システム生物学への応用～, TSUBAME e-Science Journal, 東京工業大学 学術国際情報センター, vol. 2, No. 2, pp. 14-18, Nov. 2010.
• 秋山泰. バイオインフォマティクス, テクノカレント, 452, Oct. 2007.
• 阿久津達也, 秋山 泰. バイオインフォマティクスと人工知能の相互作用, 人工知能学会誌, Vol. 22, No. 1, pp. 42-48, Jan. 2007.
• 向井有理, 広川貴次, 富井健太郎, 諏訪牧子, 浅井潔, 成松久, 秋山 泰. バイオインフォマティクスによる糖転移酵素遺伝子の発見, ケミカルエンジニヤリング, Vol. 51, No. 6, pp. 437-440, June 2006.
• 秋山 泰. Erwin Schroedinger: What is Life?, 情報処理, Vol. 47, No. 3, pp. 314, Mar. 2006.
• 秋山 泰. 生命科学と超高速コンピュータシステム, Bionics, No. 9, pp. 18-19, Sept. 2005.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクス研究者スキル, 情報処理, Vol. 46, No. 3, pp. 239-245, Mar. 2005.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクス―生物学と情報科学の学際分野にて, 三田評論, Vol. 1077, Mar. 2005.
• 秋山 泰. 超高速計算機で分子シミュレーションの壁を砕く, Bionics, No. 0, pp. 42-44, Aug. 2004.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクスが必要とする計算機環境, 蛋白質 核酸 酵素, Vol. 48, No. 9, pp. 1306-1312, Sept. 2003.
• 秋山 泰. 生命情報科学研究センターとバイオインフォマティクス研究, ゲノム医学, Vol. 2, No. 1, pp. 67-72, Jan. 2002.
• 秋山 泰. 生命情報科学と大規模PCクラスタ －Pentium系で世界一の654GFlopsを達成－, AIST Today, Vol. 1, No. 10, pp. 15, Nov. 2001.
• 秋山 泰. 日本初のコンピューテーショナルバイオロジー研究施設　お台場に始動, 日経サイエンス, No. 2001年5月号, pp. 112, May 2001.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクス, 計算工学, Vol. 6, No. 1, pp. 2, Jan. 2001.
• 秋山 泰. ニューラルネットワークによる最適化計算, bit, 共立出版, Vol. 22, No. 8, pp. 920-921, Aug. 2000.
• 秋山 泰. 大規模並列計算機によるタンパク質情報解析, 人工知能学会誌, Vol. 15, No. 1, pp. 27-34, Jan. 2000.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクス～情報システムとしての生命現象の理解へ～, 情報処理, Vol. 40, No. 11, pp. 1136-1138, Nov. 1999.
• 秋山 泰. パソコンクラスタを用いた超高速タンパク質情報解析システム, 日経サイエンス, No. 1998年11月号, pp. 112, Dec. 1998.
• 秋山 泰. 並列タンパク質情報解析(PAPIA)システム, バイオサイエンスとインダストリー, Vol. 56, No. 7, pp. 31-34, July 1998.
• 秋山 泰. ＷＷＷによる研究支援, システム／制御／情報, Vol. 40, No. 7, pp. 291-296, July 1996.
• 秋山 泰, 金久 實. ゲノムネットのデータベース・サービス, 実験医学, 羊土社, Vol. 13, No. 13, pp. 1201-1205, Dec. 1995.
• 秋山 泰. RNAの二次構造予測, bit, 共立出版, Vol. 25, No. 10, pp. 83-91, Oct. 1993.
• 秋山 泰. 二次構造を予測する, 日本物理学会誌, Vol. 48, No. 5, pp. 346-350, May 1993.
• 秋山 泰. ボルツマンマシン, 数理科学, サイエンス社, No. 338, pp. 38-43, Aug. 1991.
• 秋山泰. ニューラルネットワークのハードウェア, オペレーションズ・リサーチ, Vol. 37, No. 7, pp. 342-346, July 1991.
• 秋山 泰. ガウシアンマシンと巡回セールスマン問題, bit, 共立出版, Vol. 22, No. 5, pp. 586-587, May 1990.
• 梶浦正浩, 秋山 泰. ボルツマンマシンとNクイーン問題, bit, 共立出版, Vol. 22, No. 3, pp. 340-341, Mar. 1990.
• 秋山 泰. ニューラルネットの新モデルを構築－重みづけを自由にかえられるニューロチップも開発, 日経ハイテク情報, No. 95, pp. 7135-7140, Dec. 1988.

特許など

• 秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧, 李佳男. 予測装置、学習済みモデルの生成装置、予測方法、学習済みモデルの生成方法、予測プログラム、及び学習済みモデルの生成プログラム. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学. 2021/03/05. 特願2021-035648. 特許第7057004号. 2022/04/11 2022.
• 秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧. 情報処理装置、情報処理方法、情報処理プログラム、及び情報処理システム. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学. 2021/02/17. 特願2021-023750. 2022/05/25. 特開2022-078924. 特許第7125575号. 2022/08/17 2022.
• 秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧, 杉田昌岳, 藤江　拓哉, 杉山聡, 村田翔太朗. 予測装置、学習済みモデルの生成装置、予測方法、学習済みモデルの生成方法、予測プログラム、及び学習済みモデルの生成プログラム. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学. 2021/02/26. 特願2021-031234. 特許第7057003号. 2022/04/11 2022.

学位論文

• The Gaussian Machine: A Stochastic, Continuous Neural Network Model,  本文,  Doctor of Engineering,  Keio University,  1990/03/--, 
• The Gaussian Machine: A Stochastic, Continuous Neural Network Model,  Thesis,  1990/02/01, 

[ BibTeX 形式で保存 ]    [ 論文・著書をCSV形式で保存 ]    [ 特許をCSV形式で保存 ]